刚开始哈利11岁生日收到了霍格沃茨寄来的信，成为了魔法学校的一名学生，在学校认识了好朋友罗恩和赫敏，还有总是和他们作对的马尔福以及讨厌的教魔药学的斯内普。
由于意外，他们在学校的禁区发现了一条三个头的大狗，他们认为那条狗在看守着什么，而斯内普试图去偷那样东西。与此同时，禁林里的独角兽遭到了杀害，被惩罚在禁林里工作的哈利似乎看到了伏地魔，而禁林里的马人也向哈利做出了警告。后来在三人的一番调查后，他们终于知道狗所看守的东西就是魔法石，一种可以制造出长生不老药的神奇石头。于是他们试图阻止斯内普。
最后，当哈利到达魔法石的隐藏地点他们要通过一道的机关第1个他们掉入了一些藤蔓之中赫米用她的知识解救了他们，第2个机关玩的是巫师奇当时他们中罗恩最适合玩巫师棋了，然后呢，他因这样而牺牲了自己。然后当哈利波特赶到那个地下密室时，在那里的人却不是斯内普，也不是伏地魔，而是他们黑魔法防御术的教授奇洛。通过厄里斯魔镜，哈利得到了魔法石，奇洛在伏地魔的命令下试图抓住他，但奇洛的皮肤一碰到哈利就会被烧伤。而他被烧伤是因为当时他的母亲在临死前给他设下的魔法。
最终在哈利晕过去的同时，校长邓布利多赶来，救了哈利。最后在颁奖协会上，由于格兰芬多的种种英雄事迹，而获得了学院第1名。
