人类癌症数据库TCGA-差异表达基因挖掘课程

身处大数据时代,没钱做实验没关系,无数人正在帮你做实验积累数据;是吗?是的!不信接着往下看!

1. 目前公开的数据非常之多之前我们介绍了NCBI的SRA数据库(Sequence Read Archive用于存储二代测序的原始数据)中数据在快速的增长,目前已经积累了14P的数据,大量的数据等待着被进一步的挖掘。

2. 大量数据很少被挖掘 虽然公开的数据非常的多,但是基本上只有数据提交者对数据进行了一次分析,很少有数据被多次挖掘。

有了这些基础,也就有了“吃螃蟹的人”,挖掘别人的数据,发表自己的文章!想一想,这是一个多么励志的故事啊!

哪些数据更适合深挖?

公开的数据那么多,哪些数据值得挖掘呢?可以从以下3个方面来筛选:

1. 样本数量 样本越多,可以分析的内容就越多,文章可写的内容也就越多,所以首选样本数量多的数据。

2. 数据类型 组学数据类型越多越好,这样可以针对不同的类型数据进行分析,也可以进行联合分析,从不同的层面去分析一个科学问题。

3. 表型相关数据

有详细表型更好,结合表型,对基因型进行研究,功能研究就会更加的明确,更加的容易。

推荐一个理想的医学数据库

基于以上几个方面的特点,今天小编给大家介绍一个很是理想的、适合进行数据挖掘的医学类数据库-TCGA数据库

目前该数据集收录了33种癌症,11000多例病人的基因组,转录组,甲基化等多组学的数据和临床相关数据。目前已发表的TCGA相关文章达到了4300多篇。

多么巨大的一个数字啊,你是不是也想贡献一篇啊?下面一起看个TCGA数据文章实例!

挖掘的实例简介

这是一篇2017年发表在Oncotarget上的题为:An integrated lncRNA, microRNA and mRNA signature to improve prognosis prediction of colorectal cancer 的文章, 采用TCGA公开数据进行挖掘,分析思路及结果如下:

针对癌症,癌旁组织的mRNA,lncRNA,miRNA进行差异表达,获得显著变化的分子,用于构建生存分析模型

2. 基于差异表达的mRNA,lncRNA,miRNA,构建多因素生存分析模型,获得疾病风险评估方法

3. 在癌症测试样本中验证生存模型的风险预测,效果都很明显

4. 结合癌症的临床TNM分期情况,构建更好的预测模型

参考文献:Y xiong at all. An integrated lncRNA, microRNA and mRNA signature to improve prognosis prediction of colorectal cancer. Oncotarget, 2017, 8 (49):85463-85478.

如何入门学习TCGA数据挖掘?

如果你不想做实验,又想发SCI,没关系,梦想依然是可以实现的!那就学学如何利用别人的数据吧。目前组学大讲堂已经开设了一门《TCGA-基因差异表达分析》的学习课程。该课程适合零基础、入门级学习者,深入浅出地讲解了TCGA数据挖掘详细过程及分析内容,该课程特点归纳如下:

1. 门槛低:本课程提供全面、详细注释的源代码,且代码可以在windows环境下运行,适合零基础、入门级学习者;如果你熟悉linux,那学习就容易了。

2. 讲解细致:共包括15个课时,总时长达3个小时以上,内容详尽,包你学的会。

3. 学习互动到位:我们有专门负责指导学习者自学的VIP QQ交流群,群内可以直面生信人员,咨询方便,交流顺畅,学习无后顾之忧。

4. 内容丰富:本课程的主要内容如下目录:

怎么样,动心了吧!点击下面链接,观看《医学癌症TCGA-基因差异表达分析》视频教程,开启你的学习之旅吧!

https://study.163.com/course/introduction/1005543028.htm?share=1&shareId=1031484705

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