同源注释工具GeneWise安装和使用

这是一个非常老的软件,距离他不更新至少有10多年了,但是目前还是有很多公司用他进行基因组注释,包括ENSEMBL的注释流程的几个核心部分用到的也是它。

但是他的安装也是异常的麻烦,好在Homebrew的安装说明https://github.com/brewsci/homebrew-bio/blob/master/Formula/genewise.rb 提供解决方案

首先,下载,解压,进入安装目录

cd ~/src
tar zxf wise2.4.1.tar.gz -C /opt/biosoft/
cd /opt/biosoft/wise2.4.1/src

第一步,将src目录下所有makefile中的glib-config替换成glib-2.0

find . -name  makefile | xargs sed -i 's/glib-config/pkg-config glib-2.0/'

第二步,替换genewise使用库中函数名发生改变的部分,例如getline,现在是getline_ReadSeqVar

perl -p -i -e 's/getline/getline_ReadSeqVars/g' ./HMMer2/sqio.c
perl -p -i -e 's/isnumber/isdigit/' models/phasemodel.c

第三步,将csh改成sh

perl -p -i -e's/csh welcome.csh/sh welcome.csh/'  makefile

第三步,解决编译过程中g_hash_table_foreach_remove的bug, 似乎在Linux平台不存在这个问题

sed -i 's/-ldyna_glib/-ldyna_glib `pkg-config --libs glib-2.0`/' models/makefile

最后编译加测试

make all
export WISECONFIGDIR=~/opt/biosoft/wise2.4.1/wisecfg
make test

修改环境变量

echo 'PATH=$PATH:~/opt/biosoft/wise2.4.1/src/bin/' >> ~/.bashrc
echo 'export WISECONFIGDIR=~/opt/biosoft/wise2.4.1/wisecfg/' >> ~/.bashrc 

简单用法如下, 详细的帮助文件pdf需要在docs/下编译,基本使用可用genewise -help 查看说明

genewise protein.fasta dna.fasta -both -gff

编译文档可能会出问题,我也不知道如何解决,在Mac用自带的工具忽略出错才搞定。

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