发简信
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使用MAKER进行注释: 如何避免多轮MAKER时的重复运算
通常而言，我们会运行不只一轮的MAKER。如果参考组序列没有变化，那么有一些计算只需要做一次就行了，例如将EST, Repeat和Protein...
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使用MAKER进行注释: 训练SNAP基因模型准备阶段 训练SNAP模型，需要准备三个文件，分别是参考基因组序列，组装的转录本序列和同源蛋白序列。 对于参考基因组序列，我们要保证N50需要超...
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使用MAKER进行注释: 输出基因模型的人工检查使用MAKER运行结束后可以使用Jbrowse对基因模型进行可视化。由于MAKER和JBrowse同属于GMOD项目，因此能够很方便的输出结果转...
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使用MAKER进行注释: 学习MAKER的配置参数
MAKER配置文件详解 本文翻译自http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php...
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使用MAKER进行注释: 理解的MAKER的并行化MAKER并行分为两种，一种基于MPI，运行方式为mpiexec -n 线程数 maker, 一种是在同一个项目中运行多次maker。前者需要在...
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使用BRAKER2进行基因组注释(v 2.1.5版)
BRAKER2是一个基因组注释流程，能够组合GeneMark，AUGUSTUS和转录组数据。 在使用软件之前，有几点需要注意下 尽量提供高质量的...
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Python版的xpclr的艰辛debug之旅
这个软件的安装非常波折，根据安装官方的教程，我在Python3.7.0中进行安装 使用python -c "import xpclr"并没有报错...
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Singularity和MPI应用
MPI(Message Passing Interface)广泛应用于高性能服务器中，可用于单系统多节点或者多个计算平台间通讯，目前主流的两个开...
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使用nextpolish对三代组装进行polish(v1.2.2版)
NextPolish是武汉未来组开发的一个三代基因组polish工具（另外一个常用软件是Pilon）。NextPolish可以使用二代短读序列或...