内膜系统是通过细胞膜的内陷而演变成的复杂系统。它构成各种细胞器，如内质网、线粒体、高尔基复合体、溶酶体等。这些细胞器均是互相分隔的封闭性区室，各具备一套独特的酶系，执行着专一的生理功能。
内质网是细胞内的一个精细的膜系统。是交织分布于细胞质中的膜的管道系统。两膜间是扁平的腔、囊或池。内质网有两种类型，一类是在膜的外侧附有许多小颗粒，这种附有颗粒的内质网叫粗糙型内质网，这些颗粒是核糖体（核糖核蛋白ribosome）；另一类在膜的外侧不附有颗粒，表面光滑，称光滑型内质网。[1]粗糙型内质网的功能是合成蛋白质 大分子，并把它从细胞输送出去或在细胞内转运到其他部位。凡蛋白质合成旺盛的细胞，粗糙型内质网便发达。在神经细胞中，粗糙型内质网的发达与记忆有关。光滑型内质网的功能与 糖类和 脂类的合成、解毒、同化作用有关，并且还具有运输蛋白质的功能。
溶酶体
溶酶体位于细胞质内、被单位膜包围、呈球形的细胞器。（像圆泡的那个）其大小随细胞类型不同而异，直径为0.2至数微米。
溶酶体功能
1. 细胞内消化：对高等动物而言细胞的营养物质主要来源于血液中的水分子物质，而一些大分子物质通过内吞作用进入细胞，如内吞低密脂蛋白获得胆固醇，对一些单细胞真核生物，溶酶体的消化作用就更为重要了。
2. 细胞凋亡：个体发生过程中往往涉及组织或器官的改造或重建，如昆虫和蛙类的变态发育等等。这一过程是在基因控制下实现的，溶酶体可清除不需要的细胞。
3. 自体吞噬：清除细胞中无用的生物大分子，衰老的细胞器等，如许多生物大分子的半衰期只有几小时至几天，肝细胞中线粒体的平均寿命约10天左右。
4. 防御作用：如巨噬细胞可吞入病原体，在溶酶体中将病原体杀死和降解。
5. 参与分泌过程的调节，如将甲状腺球蛋白降解成有活性的甲状腺素。
6. 形成精子的顶体 。
