下载安装使用框架
Linux环境下的软件安装
linux软件下载工具
- Conda：可以理解为一个工具，也是一个可执行命令，其核心功能是包管理与环境管理。是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。
- Anaconda：Anaconda包含了conda、Python在内的超过180个科学包及其依赖项。Anaconda利用工具/命令conda来进行package和environment的管理，并且已经包含了python和相关配套工具。
- Miniconda：只含有最基本的内容--python,conda，以及相关的必须依赖项，对于空间要求严格的用户，Miniconda是一种选择。
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Pip：是一个现代的，通用的 python 包管理工具。提供了对 Python 包的查找、下载、安装、卸载的功能。
软件下载工具间的关系--生信星球
miniconda下载
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使用miniconda进行下载和安装，在浏览器搜索“miniconda 清华”，点击进入miniconda的链接
镜像网站相当于主网站的副本，conda在国外，而我们在国内下载时速度会慢，从镜像网站下载，会加快下载速度
- 输入命令
uname -a查看远程服务器是多少位的
由服务器显示，为64-bit（×86_64），可在该链接里找到相应版本的安装包，寻找其中的最新版本（latest） -
复制链接
- 进入服务器，新建biosoft目录
- 使用命令
wget将链接复制进去
注意：在windows在putty中的复制方式为单击右键，左键为复制；sh是脚本，文件后缀（程序，后台代码），意为如若安装失败，无需重新下载，仍可用。
miniconda安装
- 执行命令
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh进行安装，在命令执行过程中，敲入Enter进行版权信息跳过
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后面输入Enter后，如遇yes|no选项，输入yes
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安装成功
- 行使命令
source ~/.bashrc激活conda，输入conda检查是否成功
- 添加镜像，将代码复制到命令行
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda使用
- 使用命令
conda list查看所有软件列表
- 使用命令
conda search pip，可有信息显示
- 使用命令
conda install pip -y，-y参数是进行自动安装；
一般默认为安装最新版本，如果要下载特定版本添加特定版本号，命令为conda install pip=9.0.1-
使用命令conda install fastqc -y，在镜像中下载fastqc
- 使用命令
conda remove pip -y卸载软件
其他问题
- 使用命令
conda info --envs查看当前conda的环境；所标出的部分显示，目前只有一个conda环境
- 处理转录组数据前，先新建一个conda环境，命名为rnaseq；指定版本为python3，同时安装fastqc、trimmomatic.使用命令
conda create -n rnaseq python=3 fastqc trimmomatic -y
- 仍用命令
conda info --envs查看conda环境
- 使用
conda activate rnaseq激活新的conda环境,*会转移到rnaseq前面
如若下载fastqc，输入命令fastqc会显示帮助信息，说明成功安装并可使用
P.S.
/home/bio07/tmp
.................../biosoft/miniconda3
.................../miniconda3/envs/rnaseq
