conda--“linux的应用商店”
- conda的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。
conda和minconda关系（摘自生信星球）
下载conda-我们用它的精华版--miniconda
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百度搜索“miniconda”（英文网站）→ 查看自己服务器是多少位的 → 安装python3.7对应的版本 → 右键--复制下载链接
下载miniconda
安装和配置miniconda
存放软件目录
cd biosoft
安装
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（sh是脚本）
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活conda
source ~/.bashrc
下面添加国内镜像，一行一行运行
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
- 注：Linux的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴
使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载（生信需要的）软件
- 查看当前所有软件列表
conda list - 搜索软件
conda search fastqc - 安装软件
conda install fastqc -y（默认最新版）
conda install fastqc=0.11.7 -y（指定版本号） - 卸载软件
conda remove fastqc -y
- 注：加上-y是自动安装
定制conda的某一项目环境
- 按照不同的项目，定制不同的操作环境“conda environment”，安装不同的软件，互不干扰。
先查看当前conda有哪些环境
conda info --envs(前面带*的就是默认的)如处理转录组数据，建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指 定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（两个一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
再次查看一下我们的conda环境
conda info --envs
（默认还是base）激活新的conda环境了
source activate rna-seq
（这时默认的*就会转移到rna-seq前面，在用户名root前面出现了 (rna-seq) ）卸载一个环境中的软件
- 卸载某个软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y - 全部卸载，也就是卸载这个环境
conda remove -n rna-seq --all - 注：最后卸载环境的时候，需要先退出当前环境，不要把自己删除
参考和引用：生信星球训练营教程
