鸽了好久，这段时间一直忙于毕业论文、投文章、博士申请和课题设计，总算都有了着落。今儿这内容也是实验室有需要就做了一下，前面加Barcode、混池测序就不说了，很多公司都清楚，主要讲一讲反馈来的数据怎么分析。
较非测序方法PCR-RE和Sanger测序，高通量测序适用于突变类型复杂、多倍体基因组编辑和一次性测大量的靶点突变事件等情况。软件非常多，测试下来，个人认为CRISPResso2最优，发表在Nat Biotechnol上。我最推荐它的原因还是运行迅速、直接出图、图片全面且漂亮。安装嘛可以交给conda，注意需要python2.7环境。以Cas9为例：
CRISPResso -r1 *.fq -g sgRNA -a amplicon_sequence -wc -3
若输入双端文件，加个-r2即可，但这时需要注意amplicon sequence最长为R1+R2-10bp（不包括引物）。而且用双端，也是先被FLASh拼接再与amplicon sequence比对，我用的已经拼好的。这个软件仅支持fastq格式，但可以输入压缩的*gz文件。-g、-a参数做编辑的都明白。-wc默认是针对Cas9的-3（Cas9原理），但是反链就得设置-17了。-w默认1，即窗口大小1bp、跨2bp，不需要改我就没设置。一次分析多个靶、多个等位基因用逗号分隔。其它编辑系统需要调参数啊！具体可以看说明书，https://crispresso.pinellolab.partners.org/submission，里面也有网页版工具。批量分析写个循环即可。
欢迎大家交流讨论，相互学习。
