用viroblast搭建本地blast网站

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写在前面

由于我们实验室的主要研究对象是荔枝,而在ncbi上的blast中还没收录荔枝基因组信息,所以使用起来不是那么方便。那么我们能不能实现一个本地的blast网站,使我们可以用荔枝的基因信息作为query,以荔枝的整个基因组作为Database,进行blast搜索呢?

答案是肯定的,目前我知道的有几个工具可以实现我们的目的——

  • viroBlast
  • SequenceServer
  • wwwblast
    这里我用的是 viroBlast

实现过程

首先,要安装一些使用 viroBlast 的依赖软件。

1. 安装 blast+,使用conda安装blast,也可以去ncbi上下载相应的blast+压缩包,然后再自行安装。

conda install blast

2. 安装 服务器 apache2,因为我们要搭建的是一个网页版的blast。 如果你像我一样已经安装了xampp集成包,也可不用直接单独安装apache2。

sudo apt-get install apache2

3. 安装PHP,因为viroBlast是用PHP编写的,所以我们需要有PHP。当然,如果你安装了xampp,同样也不用单独安装PHP,这些在xampp中都包含着。

sudo apt-get install libapache2-mod-php php php-gd

4. 下载viroblast。要下载viroblast,首先先要去其官网申请许可。当然在GitHub上也可以找到资源下载。https://indra.mullins.microbiol.washington.edu/viroblast/viroblast.php

  • 进入官网,然后点击Download


  • 然后选择 Academic License ,点击之后填写相关信息并提交,就会收到被授予许可的邮件以及下载链接。


5. 有了下载链接之后,我们就可以下载 viroBlast啦,以下是我获得的链接。

wget http://indra.mullins.microbiol.washington.edu/viroblast/download.php?ID=viroblast.tar.gz

6. 解压


tar -zxvf viroblast.tar.gz 

7. 移动viroblast 文件夹到相应的位置。

  • 如果你是单独安装的apache2, 那么移动到 /var/www/html 下:
mv viroblast /var/www/html/
  • 如果你是跟我一样,安装的xampp, 那么移动到 /opt/lampp/htdocs/ 下:
mv viroblast /opt/lampp/htdocs/

8. 通过网页查看viroblast是否安装成功。打开浏览器,网页访问:http://主机IP/viroblast/viroblast.php,显示如下说明安装成功:

9. 然后再用makeblastdb构建自己所需要的blast数据库(本地blast库构建代码语法如下):

makeblastdb -input_type fasta -dbtype nucl -in XXX.fasta
  • 将核酸库放在/viroblast/db/nucleotide下
  • 将蛋白库放在/viroblast/db/protein下

10. 设置好数据库之后,如图配置 viroblast.ini 文件。

11. 至此,viroBlast 已经完全配置好并且可以正常使用啦! 如果想更改一下前端页面的样式或者伪装一下Logo, 那么可以自行修改viroblast.php文件。


写在最后

读研半年多,
收获了很多东西,
但似乎,又失去了某些东西,不管是人或者事。。
嗯,生命不息,修行不止

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