作为企业中重要的管理手段，方式，MES系统软件 在企业信息化中扮演着重要的角色，企业通过实施MES系统软件，对企业内部所有资源进行整合，将采购、生产、成本、库存、分销、运输、财务、人力资源进行规划，从而达到最佳资源组合，取得最佳效益。同时由于MES系统决策层的应用开发MES系统虽然含有为决策层提供决策的功能模块，但决策层的需求往往是多变的。很多时候为了满足这种多变的需求，进一步优化MES系统的管理效果，对现有MES系统软件进行二次开发也是有必要的。
第一，不要修改核心代码做好原有MES备份
一般来说，把数据从广州MES系统软件中导出，利用二次开发的程序进行处理后，再导入系统。这是一个比较稳妥的方法。一般来说，软件升级时，数据导入导出部分变动不会太大，而且即使有变化，也容易进行相应的维护。而一旦直接修改了核心代码。过上两年，想升级可就难了。
第二，做好MES系统软件二次开发成本控制
据资料显示，二次开发成本是一个考核CIO非常直接的指标。包括有形成本与无形成本。有形的如二次开发的MES系统软件的授权费用、实施费用等;无形的如企业投入的精力、时间成本及在系统转换过程中可能对正常企业的影响。作为企业CIO要尽自己的最大努力把这个成本降低到最少。
业内资深专家曾经指出：“CIO对于企业的MES系统软件二次开发前期要做一个良好的规划，要对二次开发的成本作出一个大致的预算，如总项目金额的5%等。预算做出以后就需要进行跟踪控制。在软件选型阶段，就可以发现一些明显的二次开发需求，CIO最好能够把这时候的二次开发成本推给软件供应商。”
第三、为企业争取尽可能大的利益
二次开发在在和软件口服务商“沟通”过程当中，应尽量的争取最大的利益任何企业应用信息系统，都会遇到升级的困惑，CIO在和服务商签署合同时，就应该把二次开发的成本、利益都想到，尽可以的让服务商和企业一起做好二次开发，这样在系统和企业业务的熟知程度方面做到“互利互补”。
第四、寻找二次开发合作伙伴
如果不用服务商所提供的服务或者是企业自身开发的系统，那么就需要CIO去寻找二次开发合作伙伴，选择合作伙伴要选同行业做得有成功案例的，CIO多去参考合作伙伴的用户使用情况，同时要结合企业IT部门自身的情况，选择合适的二次开发合作伙伴。
第五、避免开发人员流失，项目陷入困境
人才一直是企业最大的财富，对于CIO来讲，道理也是一样，IT人才在IT部门对于企业同样重要，在企业MES系统软件二次开发的过程当中，如果IT人员流失，对于MES系统软件二次开发项目非常不利，容易让项目进入一个死循环，而且在进行人才招聘时，有也会使项目的总体进度变慢，拖延企业有利的的时机，如何留住人才是每一个CIO在MES系统软件二次开发中所要考虑的一个重要问题。
为了因对市场的不断变化和企业发展的需求变更，对现有MES系统软件进行二次开发，让企业更好的管理和实施，但同时，二次开发的工作量一般比较大；对企业本身的开发人员来讲，难度更大，要求其对数据库结构及程序源码都十分熟悉，因此，对于二次开发的实施也需要慎重考虑的。
