这个问题其实困扰了挺久的，一直没闲情去解决，网上搜索过很多压缩方法感觉都太麻烦太复杂，因最近在windows上搞docker就一并解决了。
压缩vmdk
首先下载DiskGenius，这工具很牛X，相信很多人都用过其硬盘分区、合并、数据恢复等功能，可谓相当强大，甚至虚拟硬盘文件也不放过。。。
首先把要压缩的虚拟硬盘vmdk打开（菜单：“硬盘 –> 打开虚拟硬盘文件”）。打开后就可以在左边的窗口中看到加载上的虚拟磁盘了。
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新建一个容量不小于源虚拟硬盘的虚拟硬盘vmdk文件
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选择（菜单：“工具 –> 克隆硬盘”），弹出对话框后，在“选择源硬盘”时选择要压缩的源vmdk虚拟硬盘，在“选择目标硬盘”时选择刚刚我们新建的vmdk虚拟硬盘，然后点“开始”等待压缩完成即可。
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vmdk挂载到VirtualBox
先把源vmdk备份，再把压缩好的vmdk复盖源vmdk，之后启动虚拟机。。。
没啥意外会报出如下错误
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UUID {00000000-0000-0000-0000-000000000000} of the medium
'C:\Users\Neil\.docker\machine\machines\default\disk.vmdk' does not match the value
{131b2a66-a477-41dd-b920-1a0a460d3ec8} stored in the media registry
('C:\Users\Neil\.VirtualBox\VirtualBox.xml').
返回 代码:
E_FAIL (0x80004005)
组件:
MediumWrap
界面:
IMedium {4afe423b-43e0-e9d0-82e8-ceb307940dda}
大概意思是压缩后的vmdk文件的UUID和原来注册表里的UUID不匹配
so good，我们到VirtualBox安装目录C:\Program Files\Oracle\VirtualBox
在目录空白处 shift+右建 –> 选择“在此处打开命令窗口”
输入
VBoxManage internalcommands sethduuid C:\Users\Neil\.docker\machine\machines\default\disk.vmdk 131b2a66-a477-41dd-b920-1a0a460d3ec8
返回要修改的UUID值就成功了
UUID changed to: 131b2a66-a477-41dd-b920-1a0a460d3ec8
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vmdk移动到其它盘
disk.vmdk从C盘移到其它盘，然后在VirtualBox中将虚拟硬盘指向新的disk.vmdk，这时会报错
错误：打开虚拟硬盘失败，UUID already exists
因为这个UUID在注册表里已经存在，我们用命令修改一下vmdk的路径
VBoxManage internalcommands sethduuid X:\yourDir\disk.vmdk
然后VirtualBox中重新指向这个disk.vmdk就好了
参考：
http://www.diskgenius.cn/exp/compressvirtualdisk.php
