【故事梗概】
上古世界，奇物盛行，天下三分。
炎帝神农定都姜水岐山，年事已高，王室衰微，神州各部落为了争抢领土食粮逆天行事，相互侵伐。地处黄河流域中下游的九黎族部落首领蚩尤更是残暴无道，趁势集结诸方妖神祸害百姓，欲雄霸四海八荒。而在中原，姬水河畔轩辕丘上有熊国的君主登基不久，年少有为，他就是未来的黄帝轩辕。
故事从打造一把圣道之剑说起。
道纪太始，万物初生。太上老君骑着青牛下凡游历山川，发现首山之铜可铸神器，回到昆仑虚以后，便派遣开明兽陆吾前去采铜，随后将铜矿倒入八卦炉中熔炼六十四天，再施法力打造出一把三尺长金黄色的古铜剑，尚未命名，只是将这把剑作为镇物之宝悬挂在山顶帝都府的门梁上，吸收天地灵气日月精华。
斗转星移，万年已过。仙人广成子乘坐白鹤云游四海，目遇此剑，起了念想：那剑柄镶上一颗夜明珠岂不是光耀中华吗？他掐指一算，时辰已到，这把剑也该见它的主人了。他随手取剑带回了崆峒山。
在轩辕即位前，父王少典让他去做三件事：第一件事是去昆仑虚送一份请帖，第二件事是去崆峒山修心，第三件事是去鹿吴山铲除凶兽蛊雕。
在去昆仑虚的途中，轩辕暗遭毒手，箭穿胸膛，手持的玄铁剑也被不祥之鸟酸与叼走，昏迷后偶遇西陵国公主嫘祖搭救幸免于难，因此结缘；去了崆峒山，在石室中，广成子收轩辕为徒，并授予他那把剑，他聆听教诲，修身养性；此后他远赴险恶的鹿吴山，与蛊雕拼死搏斗，灭杀一窝，为民除害，返程时水路有旋龟载着，还有珠蟞鱼王吐珠相赠。那是一颗夜明珠，赤红如火。
轩辕二十登基，嫘祖托九凤送来贺信和一件蚕丝锦衣，表示愿意做他的王妃，条件是等他平定天下之后才会嫁给他。轩辕大喜，正中入怀。此时神州大地动荡不安，轩辕出征前运筹帷幄，决定先去拜访炎帝，联合神农氏部落击败魔王蚩尤。然而神农迂腐不应，害怕轩辕夺位，情急之下，两大部落在阪泉以阵法对战。轩辕三战三胜，神农输得心服口服，就此二人握手言和。
就在轩辕班师回朝之际，九黎族部落向炎帝都城发起进攻，五日攻克。神农带着亲信逃往有熊国求救。而蚩尤穷追不舍，有妖神风伯雨师出谋划策，战无不胜，轩辕部落被打的节节败退，隐居涿鹿。
危机四伏的夜晚，轩辕梦见一条长着双翅的黄龙飞进内阁游绕着那颗夜明珠。翌日，军师风后解梦，让轩辕即刻启程，携带夜明珠去东海蓬莱钓龙。那条龙叫应龙，只有得到它的协助，才能战胜蚩尤，取得天下。一路上轩辕并不孤独，有嫘祖陪着他。
涿鹿一战杀的昏天暗地，在应龙和九天玄女的助力下，轩辕终于杀掉蚩尤，打败九黎部落，万国咸宁，各诸侯归附轩辕，并尊称他为天子，代炎帝立为黄帝。
故事的尾声：轩辕三十岁娶到了自己心爱的女人嫘祖，吩咐左史官仓颉造出龙图腾，篆刻于夜明珠内，重新命名为应龙珠，镶佩在轩辕剑上，并封剑于昆仑，以示天下。
【人物小传】
轩辕，即黄帝，他继承有熊国王位，生来明眸皓齿，自小习武读经，五常兼备，剑术超凡，身负天道重任，心系天下苍生。他正直而又善变，意气风发而且深谋远虑，谈吐风趣幽默显露真知灼见，处事犹豫不决心志却坚定不移，拥有着道家阴阳两面的双重性格。在与炎帝交涉中，体现出他的人文修养、广阔胸襟、睿智谋略；在与蚩尤的决战中彰显出他作为天子内圣外王的人格魅力和强大气场。
嫘祖，西陵国公主，长年生活在昆仑山下保养出冰雪美肌和清纯灵瞳。她妆颜素雅，秉性聪慧；虽富而不娇，心善贤惠。她擅长种桑养蚕织布制丝绸，业余时间弹奏古筝与鸾凤共舞。在一次春游时，偶遇轩辕，救他一命，在与他交流共处时产生爱慕之情，最终良缘共枕成为王妃母仪天下。
蚩尤，上古魔王，一代战神。他是东夷原始部落首领，铜头铁臂，刀枪不入，设牛角鸟翅为部落图腾，召集八十一兄弟率领万众甲兵和各种妖神凶兽祸乱天下。其人冥顽不化，阴险狡诈，有着强烈的征服欲，擅长运兵，布局，施毒计，打造兵器，战术出奇，与妖神交往手段高明，就连钟山神烛阴也出洞为他而战。终将邪不压正，他被应龙缠身，轩辕出剑取其首级。
应龙，神兽，又名黄龙，华夏龙图腾之原型，五行属土。它潜伏在海外大荒东北角凶犁土丘山下的深渊里，与夜明珠感应后，前往东海蓬莱与轩辕会合并协助杀敌。
