基因的可变剪切造就了转录本的多样性,作为一种常见的基因表达调控机制,对于生物体的生长、发育和适应环境等方面都具有重要作用。前面写过一篇关于bulk RNA-seq的推文,...
基因的可变剪切造就了转录本的多样性,作为一种常见的基因表达调控机制,对于生物体的生长、发育和适应环境等方面都具有重要作用。前面写过一篇关于bulk RNA-seq的推文,...
写在前面 这里我将chip-seq&ATAC-Seq的分析分为了上游和下游两个模块,但是都只是介绍了常规的分析流程。因此,在面对具体课题的下游分析时,仍需要根据自己想要探究的...
LEfSe的分析原理 LEfSe主要通过以下三个步骤实现生物标记物的鉴定: Kruskal-Wallis秩和检验 首先对每个物种/基因进行Kruskal-Wallis秩和检验...
0.背景知识 TIDE评分越高越容易发生免疫逃逸,免疫治疗获益的可能性就越低,评分>0视为无响应,<0视为有反应。 只有网页工具和python版。网页工具需要注册登陆使用,普...
CheckM 提供了一套用于评估从分离株、单细胞或宏基因组中获得的基因组质量的工具。它通过使用在系统发育谱系中普遍存在且单拷贝的基因组来提供对基因组完整性和污染的可靠估计。还...
文献信息:标题:Distinct gut metagenomics and metaproteomics signatures in prediabetics and tre...
首先,目前肠道微生物联系最紧密的三种代谢产物是氨基酸、短链脂肪酸或胆汁酸,以这三种代谢产物做靶向检测与微生物组学做关联分析也占绝大多数。否则,便需利用代谢组广筛方法,得到差异...
Introduction 宏基因组(Metagenome)是指对一个生态系统中的所有微生物进行DNA分析的过程,可以帮助研究人员了解微生物的多样性、功能和互作关系。 宏基因组...
宏基因组技术的出现改变了微生物研究的方式,其减少了对微生物培养的依赖,通过无偏倚的方式实现更快速的物种检测和新物种的发现。由于宏基因组是从复杂样本而不是单一物种中获得基因组信...
马作为研究后肠发酵食草动物消化的模型系统,其马肠道的微生物组成如何?马肠道微生物组和马性能之间存在什么关系?为回答这些问题,石河子大学胡圣伟教授带领他的团队,利用高通量测序技...
69方法标题:Comprehensive evaluation of structural variation detection algorithms for whole ...
Genrich介绍 Genrich 是一个用于从高通量测序数据中识别基因组区域的显著富集(即peak calling)的生物信息学工具。它主要用于处理ChIP-seq(染色质...
在生物信息学领域,数据分析和软件管理是每个科研人员日常工作的重要组成部分。长久以来,Conda一直是科研人员依赖的主要工具之一,它能够在不同操作系统中安装、运行和管理软件及其...
今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本校正,聚类,可变剪切分析,定量和差异分析为一体的工具 - FLAIR[https://flair.readthedocs.io...
环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类特殊的非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA),也是RNA领域最新的研究热点。与传统的线性RNA(l...
最近,我开发的R包ReporterScore(GRSA方法)发表在Briefings in Bioinformatics上了,这是一种灵活的,可用于复杂多组学数据的功能富集新...
个人认为随着国内第一批PacBio Kinnex full-length RNA测序数据的下机,以及Revio测序仪的加持,PacBio全长转录组正式进入可定量的时代。至此,...
数据集:cellDancer文件 PancreaticEndocrinogenesis_cellDancer_estimation.csv[https://drive.goo...
前言 口腔炎症(oral inflammatory disease),指口腔软组织和硬组织的感染,包括牙周炎、种植体周围炎和龋齿。若不及时治疗,可能会导致颌面部和系统部位的并...