之前有小伙伴咨询了一个韦恩图,其实韦恩图很简单,很多在线工具,代码的话不论是R还是python都有各种各样的包或者方法实现作图。但是他的需求是如何指示文字,一般的方法当然是使...
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【导语】 2024年2月15日,来自日本Kanazawa University的Yusuke Miyanari课题组在《Nature Genetics》上发表了题为“Geno...
AAH2基因的一个转录本(是﹣链,所以起始密码子位置在后面) 1. exon外显子:包括cds,并不是所有的外显子都能编码氨基酸,5‘UTR 3'UTR,外显子可能在一些转录...
常见组蛋白修饰的ChIP-seq数据,使用macs2分析时会面临一个问题,peak的峰形到底是narrowPeak还是broadPeak?基于现有的经验,目前一些常见组蛋...
单细胞转录组测序的差异基因表达分析是一种用于比较不同细胞之间基因表达水平的方法。在单细胞RNA测序数据中,每个细胞的基因表达水平都被测量,并以基因计数矩阵的形式进行存储。差异...
编者按: 抑郁症是一种常见的精神疾病,但目前的治疗方法只对一小部分人有效。为了确定新的治疗靶点,美国埃默里大学医学院神经内科Thomas S. Wingo与Aliza P.W...
最近在看遗传数据与表达结合的东西,介绍一个经典的方法吧,fusion。 Gusev et al. “Integrative approaches for large-scal...
作者:Resther审稿:童蒙编辑:angelica 什么是TWAS 对GWAS(genome-wide association study, 全基因组关联分析)大家应该比较...
孟德尔随机化--初筛 各位观众老爷们大家好,欢迎来到蟹道人的生信小课堂! 本节内容我们主要讲解如何进行孟德尔随机化暴露与结局的快速初筛。 主要列举以下几个方法: 基于我自己写...
一、暴露因素的数据要求: 1.对于暴露因素的GWAS数据,TwoSampleMR需要一个工具变量数据构成的data frame,每行对应一个SNP,至少需要4列,分别为: S...
1. 安装孟德尔随机化分析相应的R包 2. 概述: 孟德尔随机化流程如下: 选择暴露的工具变量(筛选显著的SNP[P < 5e-8],并进行LD clumping分析,【计算...
TWAS简介 全转录组关联分析 (TWAS, transcriptome-wide association studies) 是把转录调控(expression)作为遗传变异...
项目内容 流程简介 软件安装 参考数据介绍 GWAS数据 安装Fast2TWAS包 GWAS数据的预处理 LDSC计算遗传相关性 LDSC计算partitioned heri...
单细胞转录组,因为其技术原因,在很多时候,会造成双细胞的情况,一般我们进行基础的质控之后,好点的数据是没有问题的。目前也有很多算法进行双细胞的预测,但是一定要注意,无论是哪种...
作者:尧小飞审稿:童蒙编辑:angelica 引言 在上一篇文章单细胞转录组(Single cell RNA)概述,我们对单细胞转录组进行了简单的介绍及其分析必备所需矩阵的获...
双细胞去除与Seurat的交互:在seurat标准流程进行到TSNE和UMAP降维之后,FindAllMarkers之前进行DoubletFinder操作。 确定是否剔除预测...
今天我们继续介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - Bambu[https://github.com/GoekeLab/bambu]。来自新加坡科技研究...
可变剪接(Alternative splicing):一个基因的外显子以不同的组合方式剪接形成不同的成熟RNA,由此产生的不同的 mRNA 可能被翻译成不同的蛋白质构体,因此...