厦门东海学院环境科学系现设环境监测与评价专业与环境工程技术专业。 环境监测与评价专业已经招生四届，目前已有两届毕业生。杨书郎教授任系主任，方秦华副教授任学科带头人。
环境科学系拥有一支由知名教授领衔的高素质的师资队伍。其中专任教师6人，兼职教师2人。队伍的职称结构与学历结构都很理想：例如有高级职称者2人、讲师3人； 又如，具有博士学历1人，硕士学历3人。
环境科学系培养具备污染监测与控制、自然灾害防治与风险评估、环境评价与规划等方面的知识，能在管理部门、规划部门、环保部门、科研设计单位、工矿企业、学校等从事环境监测、环境工程技术开发、环境工程规划、设计、施工、管理、开发研究工作的高级工程技术人才。
本系设有环境监测实验室、化学实验室，备有可见分光光度计、恒温培养箱、大气采样器等精密仪器。此外，还建有《园林工程试验基地》与《 污水处理实训基地》。
本系坚持突出高职高专教育特点，积极开展实践教学活动。目前已与省内外多个环保部门和相关企业建立稳定的校企合作办学关系，为学生提供学习、实训的校外基地。
