一、Linux 安装软件的常用方法：
（1）将可执行程序加入环境变量
一些软件包内包含的是可执行程序，不需要进行编译，这类程序可以在软件目录中通过终端“./主程序名”命令运行。所以可以将主程序所在的目录加入到环境变量中即可。常见的环境变量配置文件包括家目录下的“zshrc”、“bashrc”以及/etc目录下的“profile”。
（2）创建可执行程序的软连接到已在环境变量的目录下
可以视为方法一的另一种实现策略，通过“ln -s A B”进行创建，软连接可以理解为Windows下的快捷方式。A为主程序的绝对路径（包含主程序名称），B为目标路径，即放置软件快捷方式的地方（包含主程序名），一般可存于“/usr/loacl/bin”下。
（3）源码配置编译及安装
特点为解压源码包之后，存在“configure”文件，一般分三步安装，即在软件目录下打开终端，依次运行：
./configure
make
sudo make install
（4）通过源进行安装
不同的Linux发行版含有不同的源和软件安装工具，只要联网，一条命令即可安装源中含有的软件。
Ubuntu可以通过“sudo apt-get install 程序名”进行安装，同时可以用brew进行安装，前者为系统自带，后者需要手动安装。
brew工具的安装：
sudo apt install linuxbrew-wrapper
将brew添加到环境变量：
echo 'export PATH="/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin:$PATH"' >>~/.bashrc
echo 'export MANPATH="/home/linuxbrew/.linuxbrew/share/man:$MANPATH"' >>~/.bashrc
echo 'export INFOPATH="/home/linuxbrew/.linuxbrew/share/info:$INFOPATH"' >>~/.bashrc
安装build
sudo apt-get install build-essential
Centos可以通过“sudo yum install 程序名”进行安装
注：前三种方法适合任意Linux发行版，安装软件前可以先通过方法4进行，若源中不包含此软件再用前三种方法。
二、软件下载及存储
首先在Home目录下创建Tools目录，所有下载的软件均存放于tools目录之下，此处我的家目录为“manager”，即我软件存放目录为“/home/manager/Tools”。
三、软件安装
1. ABySS
首先安装依赖包：
tar zxvf openmpi-4.0.0.tar.gz
cd openmpi-4.0.0
./configure
sudo make all install
cd ..
Git（可以不安装）
sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev libexpat1-dev gettext libz-dev libssl-dev git
git clone https://github.com/sparsehash/sparsehash.git
cd sparsehash
./configure
make
sudo make install
cd ..
aBySS的brew安装方法：
brew install gcc boost open-mpi google-sparsehash abyss brewsci/bio/arcs brewsci/bio/links-scaffolder pigz samtools zsh
2. SPAdes
tar -zxvf SPAdes-3.13.0-Linux.tar.gz
vim ~/.zshrc
$HOME/Tools/SPAdes-3.13.0-Linux/bin(加入环境变量)
source ~/.zshrc
3. prokka
先安装依赖
vim ~/.zshrc
i#(进入插入模式），在文末建立新的一行
输入：
export PATH=$PATH:$HOME/Tools/prokka/aragorn.1.2.38
esc #(退出插入模式）
shift + :
wq! #(w,write; q,quit, !强制）
source ~/.zshrc
vim ~/.zshrc
i
$HOME/Tools/prokka/barrnap-0.6/bin
esc
shift + :
wq!
source ~/.zshrc
删除旧版本：
sudo rm -f /usr/bin/tbl2asn
安装新版本。解压，把主程序的名称改为 tbl2asn
sudo ln -s /home/manager/Tools/prokka/tbl2asn /usr/local/bin/tbl2asn
解压，进入程序所在的目录中
make
sudo ln -s /home/manager/Tools/prokka/minced-master/minced /usr/local/bin/minced
解压缩，进入目录
./configure
make
sudo make install
解压缩，进入目录
sudo make install
解压缩，用文本编辑器打开signalp主程序，改路径（第13行），并保存：
$ENV{SIGNALP} = '/home/manager/Tools/prokka/signalp-4.1';
vim ~/.zshrc
$HOME/Tools/prokka/signalp-4.1
source ~/.zshrc
解压后进入文件夹，用文本编辑器打开rnammer主程序，修改第35行路径如下：
my $INSTALL_PATH = "/home/manager/Tools/prokka/rnammer-1.2.src";
通过whereis hammsearch命令查看其所在路径，修改第50行和53行，如下：
$HMMSEARCH_BINARY = "/usr/bin/hmmsearch";
vim ~/.zshrc
$HOME/Tools/prokka/rnammer-1.2.src
source ~/.zshrc
vim ~/.zshrc
$HOME/Tools/prokka/prokka-1.12/bin
source ~/.zshrc
prokka --setupdb
Install prokka with brew
brew install brewsci/bio/prokka
4. Parsnp
wget https://github.com/marbl/parsnp/releases/download/v1.2/parsnp-Linux64-v1.2.tar.gz
tar -xvf parsnp-Linux64-v1.2.tar.gz
vim ~/.zshrc
$HOME/Tools/Parsnp-Linux64-v1.2(加入环境变量)
source ~/.zshrc
sudo apt-get install bedtools cd-hit ncbi-blast+ mcl parallel cpanminus prank mafft fasttree
sudo cpanm -f Bio::Roary
#出错的话运行：
sudo cpan -f Bio::Roary
6. RAxML
解压
cd standard-RAxML-master
make -f Makefile.gcc
sudo ln -s /home/manager/Tools/standard-RAxML-master/raxmlHPC /usr/local/bin/raxmlHPC
7. Prottest
sudo apt-get install prottest
8. jModelTest
sudo apt-get install jmodeltest
9. bioperl
sudo apt install perlbrew
perlbrew install-cpanm
cpanm Bio::Perl
