一、测试环境及工具
Linux（Ubuntu 18.04.1）
Aspera （Aspera Connect version 3.9.9.177872）
二、Aspera 下载
官网下载：http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list
csdn下载：https://download.csdn.net/download/u011262253/10402259
wget 下载：wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.9/ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz
三、安装及配置
1. 解压
tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.tar.gz
2. 安装
./ibm-aspera-connect-3.9.9.177872-linux-g2.12-64.sh
3. 配置许可
sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin/
4. 配置程序环境变量
vim ~/.bashrc
在末尾加上你的aspera所在目录
export PATH="/home/baimoc/.aspera/connect/bin:$PATH"
立马生效
source ~/.bashrc
5. 配置秘钥
新建配置目录
mkdir /home/baimoc/.aspera/config/
复制到配置目录
cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh /home/baimoc/.aspera/config/
四、测试
1. 一个例子
ascp -QT -L /home/baimoc/logs -l 100M -P33001 -i /home/baimoc/.aspera/config/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR689/SRR689233/SRR689233_1.fastq.gz ./out_path
2. 常用参数介绍
| 命令 | 含义 |
|---|---|
| ascp | aspera的可执行文件 |
| -QT | 禁用进度显示 |
| -L /home/baimoc/logs | 日志文件路径 |
| -l 100M | 最大传输 |
| -P33001 | SSH传输端口 |
| -i /home/baimoc/.aspera/config/asperaweb_id_dsa.openssh | 密钥文件路径 |
| era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR689/SRR689233/SRR689233_1.fastq.gz | 资源路径 |
| ./out_path | 文件保存路径 |
3. 下载地址的构建
EBIera-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06.sff
NCBI：anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra
可以看到最关键的前缀是：era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:或anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:
4. EBI查询整个项目的资源文件
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA189204
6. 查看下载链接
提取对应列，即可下载相应的资源文件
五、为什么这里要建议选EBI，而不用NCBI？
这个是在 NCBI 下载时的链接及提示：
简单来说就是：
现在NCBI正在将数据传输至亚马逊云 AWS 和 谷歌云 GS
美国境内服务器免费，其他的服务器收费，用户自己掏钱
由于正在迁移，所有NCBI也不保证数据的完整性
虽然也提供了免费的链接，但是实测速度奇慢无比
