预安装
需要gcc、g++、gfortran的编译环境。如果服务器还没有安装，可以挂载centOS镜像文件自制软件源。然后：
sudo yum install gcc
sudo yum install gcc-c++
sudo yum install gfortran
编译安装cmake
安装gromacs5.0.7时需要用cmake编译。cd到cmake安装包所在的路径。依次执行以下指令：
tar -xvf cmake-3.12.1.tar.gz #解压安装包
cd cmake-3.12.1
./bootstrap --prefix=/home/softwares/cmake-3.12.1 #指定安装路径
make
make install #用make编译安装cmake
然后设置系统环境变量
vi ~/.bashrc
在文末添加
PATH="$PATH:/home/softwares/cmake-3.12.1/bin/:."
不要忘记source ~/.bashrc
最后可以用which cmake检测一下cmake是否安装成功。
编译安装openmpi
为了能够并行运行gromacs5.0.7，需要安装openmpi。
cd到openmpi软件包所在的目录，再依次执行以下命令：
tar -xzvf openmpi-3.1.1.tar.gz #解压安装包
cd openmpi-3.1.1
./configure --prefix=/home/softwares/openmpi-3.1.1 #指定安装路径
make -j 8
make install #编译安装
设置系统环境变量
vi ~/.bashrc
文末添加
export PATH=$PATH:/home/theqmy/softwares/openmpi-3.1.1/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/theqmy/softwares/openmpi-3.1.1/lib
source ~/.bashrc
最后可以用which mpirun检测一下openmpi是否安装成功。
编译安装fftw3
fftw3是gromacs必须的数学运行库，在线安装groamcs的时候可以自动安装fftw3。因为服务器没有连外网，需要手动编译安装。
先cd到安装包所在目录，再依次执行以下命令：
tar -xvf fftw-3.3.8.tar.gz #解压安装包
cd fftw-3.3.8
./configure --prefix=/home/softwares/fftw-3.3.8 --enable-float --enable-shared --enable-sse2 #设定安装路径及其他一些乱七八糟的功能
make
make install #编译安装
设置系统环境变量
vi ～/.bashrc
文末添加
export CMAKE_PREFIX_PATH=/home/softwares/fftw-3.3.8
export CPPFLAGS=-I/home/softwares/fftw-3.3.8/include
export LDFLAGS=-L/home/softwares/fftw-3.3.8/lib
source ~/.bashrc
编译安装gromacs
最后安装gromacs5.0.7。cd到安装包所在目录，依次执行以下命令：
tar xfz gromacs-5.0.7.tar.gz #解压
cd gromacs-5.0.7
mkdir build
cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/theqmy/softwares/gromacs-5.0.7 -DFFTWF_LIBRARY="/home/softwares/fftw-3.3.8/lib/libfftw3f.so" -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/home/softwares/fftw-3.3.8/include/" -DGMX_MPI=on #指定安装路径，fftw库的路径，及是否并行
make -j 8
make install #编译安装
设置系统环境变量
vi ～/.bashrc
文末添加
source /home/theqmy/softwares/gromacs-5.0.7/bin/GMXRC
source ~/.bashrc
最后可以用gmx_mpi检测是否安装成功。
附上需要的安装包
链接: https://pan.baidu.com/s/1xct7KYwpZV4P1gtFT9RHsQ 提取码: 83tf
