雅典民主制恢复后，雅典人又团结在一起。
前409年，斯拉苏卢斯抵达赫勒斯滂海峡。在亚西比德的领导下，前408春季，将敌对势力逐出博斯普鲁斯海峡，重新控制了前往黑海通道。
在攻打拜占庭对岸的迦克墩时，雅典人建立木围栏将迦克墩与波斯军队隔离开来。波斯总督法那巴佐斯在无奈下与雅典达成暂时条约:迦克墩向雅典缴纳贡金及拖欠的贡金；法那巴佐斯向雅典人提供20塔兰同，并向波斯国王引荐雅典使团；雅典承诺在使团回来之前不去攻击迦克墩和法那巴佐斯。为了增加自己的威望，亚西比德要求法那巴佐斯只和自己对条约宣誓。
于是，亚西比德征集了一些资金和色雷斯部队。在亲雅典派的策应下，雅典军队轻松占领了赛里木布里亚。亚西比德管束了军队，没有损害该城邦一丝一毫，实现了之前对献城者的诺言。这带来了很好的结果，在接下围攻拜占庭时，同样的方法很是适用——雅典轻松占领了拜占庭。
雅典的使团还没有到波斯王廷，就遇见了已经和波斯国王会晤完返回的斯巴达使团。斯巴达使团随行有波斯王子——小居鲁士，这表明斯巴达成功了，而且是一次重大的外交胜利。
前407年春，将军们得到波斯传来的坏消息，但是海峡上只有阿卑多斯没有收复，所以并不影响亚西比德影响力。他们留下一支舰队守卫海峡，亚西比德、斯拉苏卢斯、塞拉门尼斯都回国了。在回国途中，他们收复了更多地区。亚西比德也没有直接返回雅典，因为他在观察他雅典人对他返回的反应。因为他在法律上仍没有洗脱罪名。
当亚西比德抵达比雷埃夫斯时，他受到了最热烈的欢迎，就像（也确实是）一位得胜归来的将军。他还是前往公民大会为自己辩护，他的演讲很成功。人民授予他金冠，并任命他为陆海军总司令。
亚西比德离开雅典时，是远征西西里开始，之后就是惨痛的失败。当亚西比德归来时，雅典的光辉正在一点点恢复。这是最直接的感受，也是人民最容易看到的。但是这样高的荣誉是很危险的。在之前的军事胜利中，有很大一部分是色拉西布洛斯的成就，但是都被归功于亚西比德了。亚西比德的能力毋庸置疑，但是人民给予他的荣誉太高了，对他的期望高的离谱。而且并不是所有的人都这么喜欢亚西比德，总有一部分人伺机而动。当他失败时，不仅有反对他的人，支持他的人也会抛弃他。
波斯国王派他的次子小居鲁士去接替提撒弗捏斯。小居鲁士的母亲并不喜欢她的长子，所以在大流士二世耳边吹风。这个只有十六岁的王子野心极大，他也有这样的能力。很巧合，新任斯巴达海军司令吕山德也是一个有野心且外交能力极好的人。
吕山德是一个斯巴达莫萨克斯人，也就是说他的母亲是黑劳士。他寄养在殷实的斯巴达家庭。之前的西西里英雄古利普斯也是莫萨克斯人。因为特殊的生活环境——寄人篱下，这让吕山德更关切自己的个人利益。也正是他的才华和野心，在之后一定程度上帮助了雅典人。在财大气粗的小居鲁士的帮助下，吕山德的舰队很快增加至90艘。并且有了雄厚的财力支持，斯巴达开出了更高的军饷，使得大批雅典桨手叛逃。
因为吕山德避战不出，亚西比德将指挥权交给信任的桨手——安条克斯。亚西比德加入色拉西布洛斯攻打弗凯亚，他需要荣誉来维持他在雅典的地位。
吕山德知道斯巴达海军实力不如雅典，所以他一直避免与雅典舰队接触，拖时间对他百利而无害。而安条克斯渴望荣誉，他制定了和库济库斯一样的战术。本来亚西比德让安条克斯暂代指挥权就是想让他乖乖看住斯巴达舰队，这下亚西比德失算了。
没有指挥经验，没有之前那么良好的舰队素质（桨手大量叛逃），没有了库济库斯那样的地理环境。在奸诈的吕山德面前，雅典的下场可想而知。安条克斯阵亡，损失22艘战舰。亚西比德三天后带领30艘战舰返回，共88艘挑战吕山德，但吕山德没有理由接战。
这次战败对于亚西比德来说，政治意义远大于军事意义。反对他的人开始攻击他，支持他的人抛弃他。之前的虚荣轻易被击垮，亚西比德被解除一切职务。他没有回雅典，而是逃到之前在加利波利半岛修建的城堡内。对于雅典来说，这是一个重大损失。比此次军事失力损失更大。
接替亚西比德的是科农。斯巴达海军司令也更换了（任期一年），是同样为莫萨克斯人的卡利克拉提达斯。卡利克拉提达斯和吕山德截然相反，他讨厌波斯人，并把斯巴达“希腊解放者”的目标落实。他与小居鲁士交恶，只好把舰队基地从以弗所迁回同样讨厌波斯的米利都，他能从这里能获得资金。
卡利克拉提达斯领170艘战舰追击救援莱斯博斯岛的雅典舰队，最终俘获30艘战舰，并将科农剩下的40艘围困在米蒂利尼。科农想尽一切办法送出一艘战舰给雅典报信。雅典在一个月内将可动用的40艘战舰增加至110艘，并任命了十位平级指挥官（其中包括伯利克里的儿子）。同时融化胜利女神像，获得2000塔兰同。为了配齐桨手，包括农民、甚至奴隶（可以获得自由和公民权）都上了船。
途中又有45艘盟邦舰船加入，共155艘。卡利克拉提达斯用50艘监视科农，自率120艘前往迎战。在阿吉纽西群岛爆发战斗，雅典舰队中路背靠嘉里普岛。最终，卡利克拉提达斯阵亡，战舰损失十之八九。这是一场伟大的胜利，但是雅典接下来发生了令人失望而震惊的事情。
因为风暴的原因，将军们没有来得及救援己方落水者和阵亡将士。这在古希腊被认为是对神的莫大侮辱，更何况很多士兵来自雅典公民阶层。十位将军被召回受审，两位逃跑。本来在大家了解事情之后，对将军们的怨恨情绪平静了下来。可是，天黑了，投票只能第二天举行。巧合的是，第二天是阿帕图里亚节，这是庆祝出生、成年和婚姻的节日。于是人们的情绪再次被调动起来，再加上别有用心的流氓政客的鼓动，最终十位将军被判处死刑（两位之前逃跑）。在投票当天，恰巧苏格拉底是议事会成员，更巧的是他所在的部落是这个月的公民大会的执行委员会，最巧的是他是这一天的公民大会主席。他是唯一一拒绝投票表决将军们生死的人。
之后雅典人冷静了下来，他们这才认识到自己做的蠢事，把之前的煽动者逮捕并惩罚。
此次审判的后果极其严重，不仅丧失了十位有经验的将军，执行救援任务的色拉西布洛斯和塞拉门尼斯（那时他俩是三列桨座战舰的舰长，并奉命执行搜救任务，因为风暴而失败）也被牵连而无所作为。新任海军将领也因为此次事件而惶恐不安。
斯巴达人提出议和，他们看到的是雅典无比强大的舰队。这是继库济库斯战役提出议和之后，斯巴达在整个战争期间第三次提出议和。雅典人有理由相信这只是斯巴达的拖延方法，并且在“煽动家”的“鼓励”下，雅典人坚定的继续作战。雅典人肯定很后悔第一次议和，他们肯定认为正是那次议和给斯巴达喘息之机，并导致了后来一些惨痛的失败。所以这次他们打算作战到最后。
斯巴达也为了战胜雅典，让吕山德担任舰队副职来规避法律限制。实际上指挥权依然是吕山德的，斯巴达也只有他能和小居鲁士合作。吕山德继续他的稳重的作战方法。在赫勒斯滂海峡吕山德轻松击败缺乏有指挥经验的指挥官且没有统一领导人的雅典舰队。雅典已经没有财力物力和人力来维持海军了，这一战，雅典倒下了。
吕山德在爱琴海各城邦推翻民主制，扶植寡头派且忠诚于自己而非斯巴达的政府。雅典人正在瑟瑟发抖，他们害怕被伯罗奔尼撒同盟报复，害怕雅典被摧毁，男人被杀死，女人和孩子被卖为奴隶。他们非常担心这样的后果，也十分相信会出现这样的后果，因为他们也这样对待过反叛的盟邦。
塞拉门尼斯洞察斯巴达政治势力之间的争斗，抓住时机。他前往萨摩斯岛和吕山德谈判，但却在那里待了三个月，在前403年3月才返回雅典。塞拉门尼斯声称吕山德没有谈判权，必须前往斯巴达谈判。自己是被扣押的。这样的说辞现在看来没有说服力。
塞拉门尼斯肯定和吕山德达成了共识，但是就塞拉门尼斯当时了解到的情况来看，他觉得这样的条件肯定不能被雅典所接受。所以，他在萨摩斯待了3个月，让雅典城内的压力（粮食问题）更大，好让公民在接下来与斯巴达政府的谈判中做出让步，以便达成他与吕山德达成的共识。
而塞拉门尼斯之所以能与吕山德达成共识，是因为他利用了斯巴达的派系斗争以及斯巴达与其他盟邦的明争暗斗。在斯巴达，有很大一部分人认为斯巴达不应该把手伸到伯罗奔尼撒半岛以外的地方。因为过大的帝国会腐蚀斯巴达人，他们向往斯巴达传统严苛的生活，这是斯巴达强大的基础。在这方面的，斯巴达另一位国王保撒尼亚是一个代表人物。而且，因为吕山德的势力过大，这已经让阿基斯二世国王很不满意，讨厌他的人不断增加。这只是斯巴达的国内斗争。底比斯，这个强大的盟邦在整个战争阶段都不断挑战斯巴达的权威。如果雅典被摧毁，那么底比斯就可以轻松占领阿提卡。而斯巴达保守派又不愿意把手伸到半岛之外。吕山德也不愿意看到底比斯把势力扩张到阿提卡，他也不能不考虑保守派的影响力。在考虑到三方的需求后，达成最好的平衡点就是不摧毁雅典城。而且现在吕山德的角度看，如果能保持雅典城，并且在雅典扶植寡头派，那么他的影响力会更大，这是他与政敌斗争的资本。并且塞拉门尼斯提前获知，波斯国王已死，阿尔塔薛西斯二世登基，小居鲁士对吕山德的支持不存在了。吕山德必须在这个消息传到斯巴达之前结束战争（达成和约。要不然对他很不利）。因此雅典不仅保持了城池，还保持了一定的独立性。
前404年3月。历时27年多一点的战争终于结束了。雅典付出的代价是:长墙和比埃雷夫斯城墙被拆毁；保留极少数舰船；除了阿提卡，放弃所有城市；允许流亡者返回雅典；与斯巴达保持攻守一致；接受寡头制。
战争之后，在寡头派的高压统治下，色拉西布洛斯于前403年推翻寡头派，恢复民主制。不到十年，雅典就重建城墙和舰队，并成为多国联盟的核心成员。25年内，雅典恢复实力，并被称之为“第二雅典帝国”。而斯巴达正如保守派认为的一样，财富与权力让斯巴达人堕落。而且内部盟邦阴谋不断，斯巴达疲于应付。前395到前387年，底比斯、雅典、科林斯、阿尔戈斯在波斯支持下对抗斯巴达。前371年，留克特拉战役，底比斯击败斯巴达，结束了斯巴达霸权。
民主制是雅典辉煌的重要原因，也是战败的重要原因，但它又带领雅典极快的恢复雅典荣光。成也民主，败也民主。
