Tips! | 只有一个基因,怎么做一张高调的热图?

写在前面

Hmmm,可能全网也就我一个人会写这个主题。很久以前,这个标题已经躺在我的草稿中,迟迟没有动笔。今天联川沈工提到他们计划出血大赠送,填表就送书 - 强烈建议看今天的二号推文。前述有关注《生信札记》的朋友应也知道,我只会推:

  1. 我自己的内容
  2. 我认为靠谱的内容
  3. 纯福利(茹羊毛.....)

Emmm,既然是老友提及,我想想这次的内容完全符合上述第2. 和第3. 点。为此,我觉得顺手写下这篇推文,希望更多人看到这个福利(毕竟是完全免费....)

回到主题。对于做生物学问题的科研工作者,我们最希望遇到的情况就是,找到少数,最好是一个关键基因。这类情况总会实现,但后续在做数据分析或者可视化时,却很可能会遇到这么一个问题:一个基因的表达量?咋可视化?。柱形图往往单调;常规的矩形热图则会让你难受 ,比如,


略丑,且占版面。何解?

TBtools 提供了一系列各有特色的热图工具,可以完美解决这一问题:

  1. 环形热图 --> 掰弯他
  2. 布局热图 --> 把他的位置挪挪
  3. 卡通热图 --> 把他揉得好看点

掰弯他

环形热图,顾名思义,就是把直的掰弯,这样看起来就饱满一点。输出图片之后,可以再行加工。比如四周或者环形内部补充一些内容。最简单的结果如下,

是不是觉得香很多?其实图例可以横着摆,这样中间可以填充,比如miR159 的靶基因云云.....甚至是成员序列比对结果。

把他的位置挪挪

掰弯本身只是主要是版面利用,在数据分析或者可视化上,他带来的优势并不明显。在前述我课题开展的过程中,我突发奇想,写了一个布局热图(LayoutHeatMap),可以快速安排每个表达量矩形的矩形位置,从而使得数据解读变得更为容易,可视化图形也变得更为直观,感兴趣的可以翻翻 生信札记 公众号历史推文。
大体如下(注,支持一次多基因,此处仅展示单基因),


通过这种快速自动摆放,我们可以三个维度的样品信息直观展示:

  1. 类型,分为不同区域
  2. 时期,从左到右
  3. 生物学重复,从上到下

完美!布局热图其实有更大的用处,不过主要还是看大家自行挖掘(注意,本图使用的数据与上述类似)。

把他揉得好看点

话都讲到这里,TBtools 的用户朋友们应该都知道,接下来只会是重磅:卡通热图。
矩形热图,环形热图,布局热图,到底直观程度还是可以进一步提高。前述,我在公号上已经推了多次,可以说,之前写的教程可以让几乎任何人都有能力做出自己的卡通热图(感兴趣,还是回去翻历史推文吧)。作为 TBtools 的例图,我还是摆出 MolPlant 文稿中的那张。



当然,这不是王婆卖瓜。此处放出最近发现的一张用户图片,我觉得还不错,与大家共赏。



啊,多香啊!

写在后面

OK,又水一篇。最近新本子还是没定下来.... 于是....我花了 三百大洋 淘宝 了一块笔记本电池,回头拆了手上不定时Bomb ....估计再折腾一阵子,应该没啥问题。想想等年底毕业了,一切再从长计议更为合适。

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