“ Annotation and cluster analysis of spatiotemporal- and sex-related lncRNA expression in Rhesus macaque brain”，这篇文章是2017年发表在Genome Research上的，文章主要讲了lncRNA在普通猕猴脑的不同区域、不同年龄段及性别间的异质性。
猕猴与人的DNA序列存在93%的相似性，2500万年前与人类有着共同的祖先，其基因组序列在2007年完成，是第二个完成测序的灵长类（from wiki）,平均年龄25岁。作者测了 4个年龄段的恒河猴：1年（child），4年（Youth），10年（Adult）和20年（Old）； 8个脑组织区域包括：5个大脑皮质区（PFC, PCC,TC,PC,OC）、2个海马区（CA1和DG）和小脑(CB)，两种测序模式(RNA-seq and CAGE-seq)，两种性别，总计(4X8X2X2)128个样本。
PS: 被中国克隆猴的成功刷屏了，顺便看看此类猴与中中华华的种属关系吧，此研究中的猴学名Macaca mulatta，通常所说的普通猕猴或恒河猴，中中和华华的学名是Macaca fascicularis，即食蟹猕猴，也称长尾猕猴），都属于猕猴属（Macaca），不同的种。
文章分析思路主要包括以下5方面：
1）差异表达分析：包括lncRNA与mRNA的差异，以及 lncRNA在时间维度、脑皮质不同区域和性别间的差异；
2）共表达及聚类分析：WGCNA分析将3635 个lncRNA和7070mRNA分别分成18个lncRNA模块和14个mRNA转录模块；由计算Pearson相关系数（PCC>=0.7,P-value<=0.01），共得到3,341,261共表达lncRNA-mRNA pairs，如有237个mRNAhe 93个lncRNA与MIAT共表达。
3）功能分析：对所有与lncRNA模块相关的mRNA进行GO和KEGG富集分析；
4）CAGE-Seq：分析lncRNA转录起始位点（TSS）。
5）同源性分析：作者下载了NONCODE中 macaque（9,325）, gorilla（20,785）, human(141,353),mouse(117,405)的lncRNA数据，然后和macaque脑中的lncRNA进行比较分析。
具体方法：
质控：FASTX-Toolit
比对:TopHat2，allowing two mismatches
组装:Cufflinks
差异基因分析：edgeR
基础知识补充：
CAGE-Seq (cap-analysis gene expression): 主要用于精确判断启动子区域转录起始位点，还可用于用于研究RNA表达量。原理是首先通过随机引物反转录，加生物素标签，抽取出加帽转录物的5‘端小片段，然后反转为cDNA。详细介绍可以参考官网和illumina。
https://www.illumina.com/science/sequencing-method-explorer/kits-and-arrays/cage-seq.html
NONCODE数据库：NONCODE数据库包括17个物种(human, mouse, cow, rat, chicken, fruitfly, zebrafish, celegans, yeast, Arabidopsis, chimpanzee, gorilla, orangutan, rhesus macaque, opossum platypus and pig)除了tRNA和rRNA的所有non-coding RNA, 支持多种ID格式搜索ncRNA的信息，还可以进行ID转换，鉴定lncRNA, 下载功能，包括noncoding RNA的序列，lncRNA的class code, lncRNA 基因的bed格式等信息，另外功能预测只支持人和鼠，疾病预测只支持人。
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