秋季，北魏高凉王拓跋那击败了盖吴，并抓住了盖吴的两个叔父。将士们本想将他们押到平城，负责镇守长安的陆俟说：“长安城墙坚固，风俗彪悍，和平时期都不能忽视，何况现在是战乱之后呢！现在如果抓住盖吴杀了他，长安的战乱就不会停止。盖吴如今一个人潜逃鼠窜，不是他的亲信，谁能把他抓获呢！如果留下十万人去追捕盖吴一人，也不是长久之计。我们不如私下里释放盖吴的叔父，同时也赦免他们的妻子和孩子，让他们自己去寻找盖吴，这样，我们一定能抓到他。”
众将都说：“现在盗贼的党羽已经溃散，只有盖吴一人逃走了，他能逃到什么地方呢？”
陆俟说：“各位没有看见过毒蛇吗？不斩断它的头，它还能去伤人，盖吴天性凶狠狡诈，如果得以逃脱，给我们造成的祸患会更大。”
众将又说：“你说得是很对，只是俘虏了贼寇不杀，反而放走，假如他们再也不回来了，谁来承担这个罪责呢？”
陆俟说：“这一罪过，我替各位承担。”
高凉王拓跋那经过思虑后，也认为陆俟的计策是对的，于是赦免了盖吴的两个叔父，同他们定下返回日期后就将他们放走了。
到了约定的日期，盖吴的两个叔父都没有回来，各将领都怪罪陆俟，陆俟胸有成竹地说：“他们应该是没有找到下手的机会罢了，一定不会辜负我们的。”
几天后，盖吴的叔父果然拿着盖吴的人头回来了，消息很快传到了平城，拓跋仁也平定了盖吴的余党，朝廷将陆俟任命为内都大官。
正巧又赶上安定的卢水胡人刘超等人聚集一万多人造反，拓跋焘因为陆俟的威力和恩德在关中都很有名，又加授陆俟为都督秦、雍二州的军事，去镇守长安。
陆俟临出发前，拓跋焘语重心长地对他说：“关中接受我们的教化还没有多长时间，我们的恩威和信誉都没有树立起来。因此，那里的官吏和百姓已经发动了多次叛乱。现在，我把重兵交给你，刘超他们知道后也必定会齐心协力，共同据守险要抵抗你，他们不是容易攻克的，我们派的兵少，不能靠武力制服贼寇，你自己要谋划如何取得胜利。”
陆俟一个人骑着马到长安去赴任，刘超等人听到这个消息后，非常高兴，他们认为陆俟肯定无所作为。
陆俟到达长安以后，先是以事情的成败、生死存亡的利害关系来劝导刘超等人，还以娶刘超的女儿为妻做诱饵，想通过与刘超联姻而达到招纳刘超归顺的目的。
但是，刘超却警惕性极高，而且自恃手下人多，并没有归降的意思。于是，陆俟就决定带着他的侍卫将领亲自去见刘超。刘超派人前去迎接，对陆俟说：“你的随从士卒如果超过三百人，我们就用弓箭战马来对待，如果不到三百人，我们就会用美酒佳肴来款待。”
于是，陆俟就带了二百名骑士到了刘超那里，刘超戒备很严，而陆俟却只是纵酒豪饮，直喝到酩酊大醉才返回自己的驻地。
不久，陆俟又挑选出五百名敢死队员出外狩猎，顺便到了刘超所在的军营，他对士兵说：“发动攻击的时间应该以我喝醉的时候为限。”
刘超又一次款待了陆俟，他放松了戒备，酒喝了一会儿，陆俟表面上假装大醉，突然跳上马大声呼喊，亲手斩了刘超的头，他手下的士卒应声而起进行攻击，杀死杀伤刘超的将士一千多人，平定了那里。拓跋焘大喜，将陆俟召回平城，封他为外都大官。
拓跋焘和崔浩都很尊重信任寇谦之，也信奉寇谦之的道教。崔浩更是向来就不喜欢佛教，经常向拓跋焘进言，认为佛教虚幻荒诞，在世上是浪费财物损害百姓的，应该全部灭掉。
另外，由于沙门历来可以免除租税、徭役，僧侣人数太多，本来就不符合拓跋焘全民为兵的思想，加上兵荒马乱，战争连连，也没有多余的钱供养僧侣。于是，拓跋焘下诏说：“王公以下直到平民，私自在家供养僧侣、男女巫师的都要送到官府，不交出者，处死僧侣和巫师，私藏者满门抄斩。”并下令五十岁以下的沙门一律还俗服兵役。
拓跋焘讨伐盖吴进入长安时，曾进入一座佛教寺院，和尚让拓跋焘的侍从将官们喝酒，拓跋焘的侍从来到和尚居住的房屋时，发现那里有许多兵器，出来告诉了拓跋焘。
拓跋焘勃然大怒，说：“这不是和尚应该使用的东西，他们一定是同盖吴相通，想做乱的。”于是，命令有关部门将全寺院的和尚都杀了。在查封寺院的财产时，又发现有酿酒的工具及州郡牧守、富人们所寄藏在这里数以万计的东西，还发现和尚挖的地下密室用来藏匿妇女，拓跋焘怒不可遏。
崔浩趁机再次劝说拓跋焘将世上所有的和尚全部斩尽杀绝，毁掉所有的佛经佛像，拓跋焘接受了他的建议，这就是历史上著名的“太武灭佛”，也是佛教史上空前的灾难。
这下子连天师道长寇谦之也极力劝阻崔浩，甚至对他说：“你这样做，近年内就会遭到杀戮，满门被灭绝。”但崔浩根本听不进去。他们首先诛杀了长安的和尚，焚毁了佛经和佛像，并下诏给留台，让他们通令全国，按长安诛杀和尚的办法去做。
诏书上说：“从前，后汉荒淫无度的昏君信奉迷惑人的神来扰乱天道常规，这是自古以来，在九州之内未曾发生过的事情。夸张荒诞的大话，根本不符合人的常情常理，在国家将要灭亡时是没有人不受到迷惑的。因此，让国家政治教化不能推行，礼义大遭破坏，普天之下，荡乏贫困，都变成了荒丘废墟。我承继上天的旨令，想要铲除伪善，保留真正实在的东西，恢复伏羲、神农时期的太平安定的社会，应将佛教全部荡除，消灭它的痕迹。从今以后，胆敢侍奉胡人所信奉的神以及塑造这些神的泥像、铜像者满门抄斩。有不寻常的人，然后才会有不寻常的事。不是我，又有谁能消除这历经多少代的虚假东西。有关部门要通告在外地征战或者驻守的各位将领、刺史，凡是有佛像和佛经等等的东西都必须打毁焚烧，和尚不管年纪大小全部都活埋了！”
太子拓跋晃平素就喜欢佛法，他苦苦哀求、多次劝谏，但拓跋焘就是不肯听。他只好采用拖延时间的办法，慢慢将诏书发下去，这就使得远近寺院的和尚事先得到消息，各自想办法脱身，有一些和尚逃走藏了起来，幸免于难，有的则把佛经佛像收藏起来。
一场腥风血雨横扫了北魏，在这场漫长的灭佛行动众，大批僧尼被杀，大量佛经被毁，而在北魏境内历经几代人费尽人力物力建造起来的佛塔、寺庙全都不复存在。
而拓跋焘和崔浩这两位大力推动灭佛行动的人，最终都没有得到善终。
