其实早期的万历帝还是很励精图治的，但因自己的理想总是不能很好的实施，他的负面情绪越来越强，便开始逐渐怠政了。譬如说，在册立太子一事上，明神宗硬生生地使这场争斗持续了十五年，这十五年来，内阁因此事换了四个首辅。最终，万历帝不得不立了自己不喜欢的长子朱常洛为太子，而放弃了最中意的朱常洵。
一、不讨喜的儿子朱常洛，九岁还捞不着读书
一次偶然的临幸，万历十年，某个宫女为明神宗生下了一个男孩。
听了这事，明神宗傻了，他同皇后生活了好几年都没孩子，可是，一个地位卑微的宫女为他生了第一个男孩，太意外了。为了保全面子和维持傲慢自负的性格，神宗决定否认此事。可是，太后出来干预了，神宗就委屈的认了这个事实。但他一直耿耿于怀，对这个孩子没有丝毫的父爱。
这个可怜的娃就是朱常洛，他们娘俩等了四年，都没等到神宗册立长子朱常洛为太子。四年来，大臣们多次上书，可是神宗置若罔闻。
没等到当上太子，却等来一个竞争对手。万历十四年，郑贵妃为神宗生了一个儿子，朱常洵。
利用神宗的宠爱，野心勃勃的郑贵妃天天在神宗耳边吹风，让朱常洵做太子。这个朱常洵不缺爱，整天欢蹦乱跳，比一天到晚闷闷不乐的朱常洛可爱多了。纵观当时局势，下一任皇帝，注定要在这哥俩里产生。
神宗想废长立幼，这从他平常的举动就可以看出，他对待朱常洵母子好的不能再好，对待朱常洛母子差的不能再差。然而，神宗若废长立幼，必须经过文武百官，尤其不怕死的士大夫那一关，这帮人受长幼尊卑的影响，即使刀架脖子上，也不同意废长立幼。
等了几年，头发都白了，还不见皇帝册立朱常洛，反而见神宗废长立幼的苗头越来越旺，户部给事中姜应麟第一个向神宗发难，在奏疏里，他要求神宗早立太子。
一石激起千层浪，因神宗不理不睬，越来越大的官员加入进来，册立太子之请发展到群情激愤的状态，且出现了党派之争。如果神宗再不采取措施，事态更加严重。
为控制事态恶化，神宗终于以积极镇压的方式对这事作了消极的回应，那些呼声最高的官员纷纷被贬斥、革职、充军、入狱。
万历十八年，沉寂了四年多的士大夫再次敲响册立太子的战鼓，第一个下挑战书的是首辅申时行。他说皇长子已经九岁了，该出阁读书了。在明朝，如果送皇子出阁读书，就等于变相承认他是太子。朱常洛已经九岁，如果拒绝送他读书，于情理说不过去；可如果送朱常洛读书，就等于承认他是太子，神宗难以做出决定。
看着申时行得意的表情，神宗突然想到一个拒绝的理由。他对申时行说，如果一个人天生聪明，即使没老师教育，最终还是聪明的人。神宗的言外之意是，朱常洛不太聪明，无论多么好的老师都教不好，不要浪费精力了。
申时行听了后，不甘示弱，狠狠滴还了一击。他义正言辞地说，人的天赋有差异，但环境因素也不可忽略。再聪明的人，也得读书才能成才。这话的言外之意是，既然朱常洛天赋差，就更应该早读书了，只有刻苦学习，才能赶上天赋好的人。
君臣二人你来我往，针锋相对。到最后，神宗心累了，只告诉申时行快回家休息。在申时行要走的时候，一个太监跑来，他对申时行说，皇帝召见朱常洛和朱常洵，你顺便去看看那哥俩吧。神宗的意图是，你申时行不服是吧，那就来看看，是不是朱常洵确实比朱常洛优秀。
不一会，俩孩子来了，高的一脸矜持，似乎很怕见到皇帝，小的欢蹦乱跳，见到神宗就要抱抱。
面对一脸忧郁的申时行，神宗说，他已经安排内侍教朱常洛读书了。
让内侍教长子读书，这明摆着是说，不到最后一刻，神宗绝不屈服。可即使如此，神宗还是使用了拖延的战术，到了月底，朱常洛还没被派遣出阁读书。申时行很不耐烦。神宗过了半个月肃静日子，他认为士大夫们放弃了，但是他错了，他们的火力更猛了。
第二个奏请让朱常洛出阁读书的是王锡爵，为了打动神宗，他竟然连朱常洵一起拉上。其用意是，如果让朱常洵和朱常洛一起读书，神宗同意的可能性会更大。神宗似乎看出了王锡爵的阴谋，迟迟不给答复。士大夫们只能干等。
到了四月份，实在等不下去了。一帮人又先后上奏，以各种理由乞求告老还乡。看着几个重臣的辞职信，神宗感到不能再拖下去了。
这一次，神宗让一步，作出妥协。他召集大臣们，表示让朱常洛出阁读书，并答应近期册立太子，听了这个激动人心的消息，士大夫高兴得快疯了，跟死后重生一样。但是，他们高兴的早了，后来的事实证明，神宗不仅忽悠了他们，且又一次使用了拖延术。
二，李太后加入战斗，明神宗众叛亲离
神宗的小聪明还是很多的，他嘴上答应送朱常洛出阁读书，也履行了诺言，可他的一切安排却出人意料。朱常洛出阁读书时已经十九岁了，这十九年来，他们母子一直活在神宗的阴影里，神宗心情好的时候不予理睬，心情差的时候就被当出气筒。而朱常洵母子简直是活在天堂里。
神宗胡乱为朱常洛找了个老师，他为了让这个老师消极怠工，竟然不给老师提供饭菜，然而，这个老师还真是个汉子，他自带伙食上班，或许这个老师没教给朱常洛什么指示，但朱常洛从他身上至少学到了“自食其力”。
在册立太子一事上，神宗硬生生地使这场争斗持续了十五年，这十五年来，内阁因此事换了四个首辅。最后，沈一贯登上首辅之位。
刚上任，沈一贯就上书，让神宗册立朱常洛为太子。理由是，朱常洛老大不小了，到婚娶的年纪了，如果神宗册立朱常洛，他就能马上结婚，只要太子成婚，他就能抱孙子了。
这封奏疏含义很深。首先，神宗一把年纪了，不能指望皇后生个嫡子。明朝的祖训是立嫡不立长，没有嫡子，就立长子。神宗想过让朱常洵变成嫡子，可前提是郑贵妃必须变成皇后，那么除非现在的皇后死了或被废了。但是皇后健康的很，再活十几年也没事。再说皇后规规矩矩，母仪天下，神宗也没废黜的理由。
其次，因立太子的事，神宗已经众叛亲离了，十多年来，除了四位首辅被逼退，十多位尚书级别的官员主动告老还乡，中央和地方的官员加起来共有三百多人受到牵连。而且，为了这事，还引发了历史上颇受诟病的东林党。
促使神宗在万历二十九年立朱常洛为太子的另一个原因是，他得罪了一个决不能得罪的人——尊贵的李太后。由于李太后也出身宫女，她也是在穆宗的偶然临幸下才生下神宗，生活的相似决定了李太后对朱常洛母子十分偏爱，如果没有李太后撑腰，神宗根本不会承认朱常洛是自己的孩子。
等了十几年，神宗还不册立太子，李太后也加入战斗的行列，为了给朱常洛争取太子身份，有事没事，李太后都要会会神宗。聊的多了，神宗发现太后也同意立朱常洛为太子。
一天，太后问神宗，为何还不立太子。不知神宗在想什么，他脱口而出，说朱常洛是宫女的儿子。神宗还没反应过来，李太后大怒，铁着脸，对神宗说，你自己也是宫女的儿子。
尽管神宗忙赔不是，可他对李太后的伤害已经产生，行动是最好的道歉，如果神宗立朱常洛为太子，表明他不嫌弃母亲是宫女出身。相反如果立朱常洵，表明他嫌弃母亲出身低贱。
三、明神宗无奈认输，朱常洛 母子团聚
神宗之所以答应沈一贯立已经二十岁的朱常洛为太子，完全是局势使然，而非沈一贯一个人的功劳，经过十五年的争斗，神宗终于发现，如果要立朱常洵为太子，他必须打败士大夫集团和说服他的母亲。但是，神宗脆弱的很，他根本没有足够的毅力和强大的能力击败这些对手。
被册立为太子后，朱常洛第一个想见的人就是他的生母王宫女。这十五年来，不近人情的神宗将朱常洛母子分离，王宫女竟然被幽禁起来，她没有要求见任何人一面的权力。即使朱常洛想见生母一面，也要先获得神宗的认可。
宫门打开的一刹那，朱常洛发现，他母亲已经病入膏肓了。多年以来，他一直想好好对待母亲，可他连见其一面的自由都没有。如今母亲重获自由，四目相对，久久默然。
从万历十四年，到二十九年，神宗拖了十五年，最后这场关乎国本的持久战以神宗皇帝的失败告终，心灰意冷的神宗绝望了。
