跟着nature学作图:相关系数图篇

image

“会模仿”又加以创造,不是更好吗?——鲁迅

今天要模仿和突破的是我们常用的“相关系数图”,来自于nature子刊scientific data,文章如下图所示:

image

文章链接https://www.nature.com/articles/s41597-021-00809-x

代码及数据https://github.com/oxwang/SciData_scRNAseq

拟复现图片样式:Fig6

image

代码实现

为了方便测试,大家可以进入基因云https://www.genescloud.cn)的“相关系数图”下载示例数据。 上面文章对应相关系数图核心代码如下。

# 导入数据
dat <- read.delim("data.txt",stringsAsFactor=FALSE,row.names=1)
# 计算相关系数
cor.dat <- cor(dat)
# 作图
corrplot::corrplot(cor.dat, 
            method = "number", 
            order="hclust", 
            rect.lwd = 1,
            addrect=3,  
            number.cex = 0.8, 
            tl.cex = 1, 
            cl.cex = 0.9,
            tl.col="black")
image

数值相关系数图模仿成功,接下来我们考虑下如何进行再创造,升级突破下:

创造一: 如何实现方形、圆形、扇形等形状的相关系数图?
创造二: 如何实现多种图形及数字组合的相关系数图?
创造三: 如何在相关系数图中添加显著性标识?
......

如果要写代码的话,没有个上百行解决不了问题,有没有工具能够快速实现以上所有功能呢?正所谓君子善假与物也,下面给大家分享一款"派森诺基因云"的在线绘图小工具“相关系数图”,助您轻松get百种样式的相关系数图。

平台实现

1 提交绘图

登入基因云平台(https://www.genescloud.cn), 进入“相关系数图”页面,上传或者选择数据文件后,一键提交绘图即可。

image

2 参数调整

(1)图表类型

基因云平台小工具提供了完整图、正/倒三角图等多种图形样式,供您自由切换选择。

image

(2)图案样式:

相关性系数图提供了方形、椭圆、饼图等多种形状的选择,同时还支持不同图案的组合图,比如椭圆+饼图,方形+数字等等,总有一种样式让您称心如意。

image
image

(3)系数值显示

系数值可以根据聚类算法、变量名称等多种形式进行排序呈现,还可以控制系数值的小数位数,以及值的显示与隐藏。

image

(4) 显著性标识

当然,大家关心的显著性标识,形式也很丰富,可以显示图案、p-value数值 、空白,标识图案的形状、颜色、大小等都可以随意调整。

image

好,今天就分享到这里了,希望能够对大家有所帮助。

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 159,458评论 4 363
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 67,454评论 1 294
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 109,171评论 0 243
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 44,062评论 0 207
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 52,440评论 3 287
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 40,661评论 1 219
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 31,906评论 2 313
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 30,609评论 0 200
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 34,379评论 1 246
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 30,600评论 2 246
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 32,085评论 1 261
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 28,409评论 2 254
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 33,072评论 3 237
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 26,088评论 0 8
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 26,860评论 0 195
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 35,704评论 2 276
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 35,608评论 2 270