读《理解生物信息学》

跟着运来兄搭建自己的生物信息小书房。趁年轻,读几本硬书,到老了慢慢反刍。

思想就像基因一样,需要通过表达来传播和互相吸引,并且生成新的东西。基因的表达,这样的表述读起来平平常常,然而我们建立这样一套概念系统是大量优秀的科学家不断探索的结果。

生物信息学不只是画图那么简单,而《理解生物信息学》就是为那些想进一步理解生物信息学的好奇者准备的礼物。说起这个礼物,大约是在2017年的某个周末一个加班的下午,在一位同事工位上偶遇的。那时候,作为初入生信职场的新人,对所有的厚书感兴趣,就像一盒将要打开的巧克力。

这本书为我后来进一步理解生物信息打下了基础,让我读懂一行行代码中蕴含的生物信息。比如:

  • 如何基于序列预测基因?
  • 为什么16SrRNA/ITS扩增子可以用来注释微生物?
  • 聚类分析在单细胞转录组数据分析中的作用?
  • 各物种间基因表达和功能的保守性如何建立的?
  • 为什么细胞类型的本质是基因的差异表达?
  • 。。。。。。

可以是说这本书的内容是对我生物信息学背景知识的补充和扩展,特别是对一个半路出家的生物信息学工作者而言。本书共分为7部分:基础知识、序列联配、进化过程、基因组特征、二级结构、蛋白质三级结构、细胞和组织,以及附录和字符表等。其中,我最感兴趣也最有启发的是:

  • 序列联配
  • 进化过程
  • 基因组特征
  • 细胞和组织

我简单做了一个思维导图,对自己比较喜欢的部分做了红色标注:

除了内容开卷有益之外,本书的组织形式也比较人性化。每一章都有:

  • 学习效果列表,它总结了该章所涉及的主题
  • 每一章都含有一个思维导图,归纳这一章的知识逻辑
  • 每一章的每个小节都有一个流程图以帮助读者记忆该小节所涵盖的主题
  • 每一章都配有教科书级别的插图,助于我们理解相关的概念
  • 每一章末都列了一些研究文献和专业著作的参考文献以帮助读者进一步扩展知识、发展技能
  • 字符表和名词解释

《理解生物信息学》已经成为我的案头书之一,在有些概念需要梳理的时候,我就会翻开看看,每有会意,往往有得。这不像《细胞分子生物学》那样讲的全是生物的知识,也不是《R语言数据科学》那样讲的全是编程的技巧,《理解生物信息学》是一本真正意义上的生信书籍。

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