Bioinformatics Workbook:一个生信学习网站 | 不需要翻 | 示例数据+代码

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该网站介绍的内容比较广泛。我觉得这个网站比较特色的地方就是给你准备了示例数据+流程,而不是只罗列代码。

- linux 基础部分:介绍sed和grep时是以常见生物格式文件为例进行介绍得。有bioawk 基础、正则、Singularity 容器创建

- 序列获取与整理

- 测序实验设计。

- 基因组组装与注释、重复序列鉴定和比较基因组

- 变异位点分析:包含Stacks、GATK、Tassel、FreeBayes流程,示例数据介绍和流程脚本。

- RNA-seq:包含有参、无参、10X和DESeq2。smallRNA部分目前只介绍了Miranda

- ATAC-seq

- Workflows:nextflow

- 数据可视化

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