montreal 生信人 2018-02-27

大家好！上期生信人的《进化树作图专题》我们盘点了绘树的本地软件，本期我们继续让数据说话，看看高水平的专业杂志更青睐哪些绘树的在线工具。

再简要重复一下标准，我们选择9种在线工具，对它们在6本业内高水平杂志2015-2018年之间的（谷歌学术）引用情况进行了分析，这些杂志是：Molecular Biology and Evolution，Genome Biology and Evolution，Molecular Phylogenetics and Evolution，BMC Evolutionary Biology（合称“四大”，BIG4），再加上Systematic Biology和BMC Genomics组成“六大”（BIG6）。以下，我们按四大”BIG4”的引用数由高到低顺序排列如下。统计时间是2018年1月5/6两天。

 *发表时间较短

可以看到，相较于本地软件群雄割据的混乱局面，在线工具的排名还是比较清晰的。此外，在线工具出现了更多的“四大”杂志中皆无引用的情况（所谓四大皆空）。

1. iTOL

iTOL以“四大”引用数56独占鳌头，领先第二名EvolView的优势较为明显。不过，同上一期介绍的Figtree、MEGA和Mesquite相比（BIG4的引用数分别是408,387,209），还是有一定差距的。看来，即使在线工具如iTOL这样可以做出更加优美变换更加丰富的进化树图，在受欢迎度上，也是输了本地软件一筹，大概是因为操作起来不如本地软件简单的缘故吧。自2007年横空出世以来，iTOL已更新到了第四版。其作者，毕业于德国海德堡大学（Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg）的Ivica Letunić博士现已隐退江湖，成立了Biobyte生物信息公司，转型进入工业界，或许解释了iTOL第四版的文章至今难产的原因吧。

作为一款在线绘树工具，相较于本地软件而言，iTOL（当然，下文介绍的EvolView和PhyD3也不例外）的三个突出特点在于

1. 作图清晰优美

2. 支持Newick，Nexus和phyloXML三种格式

3. 整合多种信息绘制在一幅图内

使用时，需要先注册用户。绘制含有附加信息的树图时，需要提供树和数据集（dataset）两种信息：树的信息用来绘树，数据集用来绘制附加的图，比如结构域、基因存在与缺失、基因组扩增（genome duplication）等信息。

数据集既可以通过文件单独上传，

也可以在控制面板里私人订制。

闲话少说，来几幅iTOL的佳作吧

2. EvolView

排在第二位的在线工具名叫EvolView，现在出到第二版。这是一款低调但非常实用的工具，由华科大的陈卫华和基因组所的胡松年团队开发。同Itol一样, 为方便使用，EvolView也是要求最好先注册账户，然后上传树和数据集（dataset）。EvolView会自动把两种信息整合在一张图内。EvolView为用户提供了17种作图演示示例（demo），可谓十分详尽：

在数据集处理方面，与iTOL不同的是， EvolView不支持控制面板的使用，使用时需要通过界面左侧的操作栏（单击下图中的铅笔符），

然后再在如下图所示的编辑框内进行编辑。

很方便吧？试想，如果数据集中的信息都要手工在PS或illustrator中添加，将是多么艰难。总之，小编认为EvolView是一款十分便捷的在线绘树工具。 

3. PhyD3

目前来看，在线工具基本上就是iTOL和EvolView两者的天下。不过，就在去年年尾，又有一个神秘出现的搅局者——PhyD3。其开发团队来自比利时根特大学（Universiteit Gent）著名的生物信息学与系统生物学中心（Bioinformatics and Systems Biology）。

BTW：植物学领域的朋友经常使用的PLAZA数据库和不久前出炉的兰花基因组（进化部分工作），都出自他们之手。

因为PhyD3出道时间甚短，引用数上还不能体现出其精美的作图工艺和对phyloXML完美的支持。下图是网站上给出的demo，是不是很漂亮！此外，PhyD3还开发了一种新的格式，作者称之为扩展的phyloXML（extended phyloXML，an extension to support annotation graphs and colours in the phyloXML）。其实小编对PhyD3也不太了解，更多的功能可能需要大家亲自尝试一番了。

4. 其余全部

天生我才会有用 

好了，本期的绘树专题就要告一段落了。最后一期的绘树专题中将会为大家带来绘树的番外篇。感谢大家关注。

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作者原创，原载于生信人微信公众号