作为寺名，“竹林寺”并非萧山独有，徐州、烟台、衡阳、五台山等地均有竹林寺。在佛典中，“青青翠竹，总是法身”，佛祖释迦摩尼有“竹林精舍”，观音菩萨有“紫竹林” ， 竹与禅高度融合，故寺取“竹林”极为普遍。追溯历史，萧山竹林寺尚属悠久，始建于南齐年间(479—502)，开山祖悟真禅师 择此清净一席之地 诵经宣佛 初名“古崇寺”，仅比徐州竹林寺始建（345-356年）略晚。
走入惠济桥正北面的小弄，便是竹林寺旧址，唯见数幢六层住宅楼，已无寺庙一丝踪迹。据说旧址尚有百年女贞树一株，然寻遍而不得。在一千五百多年的历史中，竹林寺历经世道沧桑，几度毁建。至清道光年间(1821—1850)，第九十二世莲尘师徒“不受人间一分布施”，以医金所积，复加修建，建至清代，殿宇巍峨，院落甚多，大小屋宇百十余间，占地八亩左右，院内翠竹夹道，古木参天，绿荫蔽日，所谓“紫竹成林色弄晚，黄杨蟠地应如春”，晨阳百鸟齐鸣，各处有名花异种，芬芳斗艳。原“文益堂”两侧天井，束西植金银二桂，南有名为“九头狮子”的大型假山一座，高、宽各二丈余。千年古寺传奇纷纭，文物颇多，名为禅院，不兴佛事，实为杏林，求诊者聚。1937年，寺院被侵华日本鬼子飞机炸毁，建国后废墟上建起了民居。1995年为配合旧城改造，竹林寺旧址最后的六百多平方的旧厢屋均被拆尽，萧山市文物管理委员会根据市政协议案，在竹林寺旧址建亭立碑，以作纪念。亭为六角石质，额“惠济亭”，有亭联二：“拯世竹林有良药，救民苦海凭医心”；“十世医王名扬神州，万家弱女疴消竹林”。后者为萧山老领导费黑所撰，时任杭州市政协主席。
让“竹林寺”这一名号留存至今的，乃其妇科名扬天下。古时，佛教寺院为了弘扬佛法、普度众生，常开设义诊，治病救人。僧医诊病多采用传统中医的诊察方法，雅而不“粗”，易为女病人接受，故开设女科也不足为奇。
竹林寺女科的兴起，颇有传奇色彩，从两个小故事中可以一窥。一则发生在后晋天福八年（943），寺僧高昙“得异授而兴医业”。据《竹林寺世乘》高昙祖师述异记篇记载，“自悟真禅师之创兴竹林，至石晋而有师（指高昙）盖未尝有医，而也未尝有寺。所谓竹林寺，不过静养一席地耳，惟时有一道者至，不知从何方来，亦不识其姓氏，与师附居者月余，师见其骨骼翩翩，言辞不凡，知其非常人，甚敬礼之，而道者亦不自安，每谓师曰 ‘君之遇我厚矣，愧无以报君何！’。一日师以他出抵暮而归，觅道者不得，盖不知其所去矣。忽见几上有蝇头细楷数十百行，阅之，乃胎产前后秘方数十种，又胎产至要辩论及诊法共百余条。师随录之，于是晓夜诵读，而医道日精，患者念之，百无一失。”高昙禅师积资筹金，在原址“古崇寺”的基础上扩建振兴寺院，更名为“资国看经院”，所以高昙禅师应为竹林寺女科僧医的创始人。
另一则故事发生在南宋绍定六年(1233)，医僧静暹因医治皇后而受封为“医王”。静暹禅师殚精极思研究妇科，医术高超，极险极危之症，一经他手便化险为夷。宋理宗赵昀之谢丽清皇后病势危笃，召静暹入宫中治疗，竟一剂而愈，理宗大喜，即封为医王，追封四世，袭封五世，故有十世医王之说，并御书“惠济寺” ，又赐“晓庵”、“药室”两匾。从此，竹林寺女科名振天下，朱元璋听大脚马皇后多次提及“竹林古寺老僧某人善女科有神药”，特意派太医到去寻找药方；慈禧太后得知竹林寺的“救产益母全生丸”秘方，下旨让御医照药方配药数十服并精制为丸以作备用……。《中国医学大成》也记载“萧山竹林寺，由妇科其未已久，杭嘉湖萧始各县缙绅家奉之若神……”。全国各地到竹林寺求医者络绎不绝，深受人们的信仰和敬重，有患者在竹林寺楼宅上刻有“门前车马喧，声声疗苦难”的诗句，足见当时门庭若市之盛况。
竹林寺虽已了无踪迹，但竹林寺女科却源远流长、生生不息。现存的竹林寺女科医籍有一百三十种之多，其方剂大多实用有效。如“太和丸”，为妇女月经不调和各类杂症通治之方；世人熟知的“生化汤”，也源于竹林寺女科，产后调理之佳方，淘宝上销量甚旺。竹林寺女科也后继有人，已传至109代(世)，并在区中医院设有专科门诊，仍在惠及世人。
