选择指导教授是念研究所的第一个重大抉择，而很多人的首要考虑是准时毕业后的出路。这些考虑确实也是需要的，但不该因此牺牲研究能力的养成。
研究的能力是可以带得走并且一辈子受用的：文献回顾的能力，让你在毕业后可以用前人的智慧来解决职场、家庭和人生的重大问题；批判性思考让你可以在规划、执行与创新的过程中监督自己，事先警觉到一般人觉察不到的风险、疏失与错误，这是一个领导者必备的能力；而创新的能力更是职场上关键的制胜利器。
这些能力都很难有系统地传授与学习，然而用心的指导教授还是可以为学生规划出较有力的学习环境。反之，如果指导教授不用心，就很容易出现第2章那种错误示范的案例。尤其是对于研究工作几乎一无所知的硕士生，如果欠缺教授和学长的指导，不但很难培养出研究能力，甚至连「研究所可以学什么」都不知道，以至于白白辜负了研究所两年的青春。
然而许多理工学院的教授把研究室当小型顾问公司在经营，研究生在学长带领下执行研究计划的一个局部，文献回顾和研究计划构想出自教授或学长代劳，因而研究工作很轻松，但是学到的能力却非常有限。
本章先以批判性思考为例，谈研究能力的养成，再谈它们跟指导教授的关系，作为读者选择指导教授时的参考。
批判性思考能力的培养
我们必须先了解文献回顾、批判性思考与创新的能力是如何培养的，然后才有办法讨论指导教授的领导风格可以如何影响这些能力的养成。
谈到批判性思考能力的养成，有一个令人非常困惑的对比：所有学者都会强调批判性思考的重要性，但是所有学科却都没有开授批判性思考相关的课程；对比之下，很少人会特别强调数学的重要性，但是所有跟计量有关的系所，都会开授相关的数学课程。就研究生而言(尤其是博士生)，到底是数学比较重要，还是批判性思考比较重要？假如批判性思考真的很重要，却又不在课堂上教，那么要去哪里学？
美国哲学协会曾对各种不同领域的专业工作者进行访问调查，然后归纳所有专家意见，最后把批判性思考分成六种能力：(1)分析(analysis)证据、概念、方法和问题脉络的能力，(2)评估(evaluation)证据、方法、结果的价值和可靠性等，(3)对各种证据与事实进行严谨的归纳与演绎等推论(inference)，以产出新的结论或命题、发现，(4)解释(explanation)各种证据的内在关联或可能的因果连结，以形成规律或理论，(5)诠释与解读(interpretation)各种证据、概念、理论与研究结果的内在意涵(implications)和可能衍生的影响、重要性与价值等，同时(6)有能力自行引导与组织(self-regulation)自己的思考活动，以便选择研究方法，规划研究活动，寻找证据，从证据中产出可靠的结论与判断，并且在这过程中主动侦测出自己隐藏的假设或前提，和跳跃的推论等谬误。
毫无疑问，这六种能力确实密切影响着研究的品质，甚至密切影响着一个人的思考、判断与决策的品质，因此其重要性不可能会被过分强调。
然而很多研究都发现，批判性思考的教与学迥然不同与数学或基本逻辑，后者有一套明确的操作程序可以依循，只要动作正确，结果就是正确。相较之下，批判性思考重视的并非徒具形式的思考活动，而是思考活动所能达成的品质或严谨性——如果分析的不彻底，或者评估时不够客观、严谨，就算照所有流程演绎一遍也毫无意义。
因此这些攸关「思考品质」的判准，很难被明确地刻画成可以「依样画葫芦」的标准操作程序或技巧，因此批判性思考的教与学比较像美术、舞蹈和音乐，老师可以带着你练习，可以示范给你看，但是同一班的学生学完以后，所表现出来的品质却差距甚大，反映着每个人领悟力的差异。因此，它的学习过程必须像美术、舞蹈和音乐那样，在你的学习过程中，由资深的人不时纠正你所犯的错误，并给予正确(或较佳)的示范——而不适合想数学课或逻辑课那样采用大班教学，而欠缺练习时间的个别指导与示范。
此外，批判性思考的学习过程必须跟各科系的专业知识(domain specific knowedge)结合，当一个人对特定问题的背景知识知道的愈充分、深刻、细腻，他在该问题上表现出来的批判性思考就愈周延、细腻而深刻。因此，批判性思考的能力很难像数学或基本逻辑那样，独立于专业知识之外去传授，也很难在严重欠缺专业知识的情况下表现出来。
举例来说，医药疗效和经济学基本工资问题的研究，都需要统计学：但是两种研究主题的问题脉络南辕北辙，实验设计与统计数据的取样，所需要克服的技术难题不同，影响研究品质的干扰因素不同。因此一个人在研究基本工资问题时，所培养出来的批判性思考能力，无法立即被转化为有关医药疗效研究的批判性思考能力——不过，当你在一个领域内培养成熟的批判性思考能力后，要培养出第二个领域的批判性思考能力是会容易许多，因此批判性思考的能力并非百分之百跟专业知识绑在一起，它具有某种程度的跨领域共通性。
对于初学者而言，批判性思考必须在明确的专业知识脉络中去进行，而无法像数学或基本逻辑那样，独立于专业知识之外去传授。缘此，批判性思考能力的养成必须跟各系所的专业课程紧密结合，而高阶的批判性思考能力，几乎只能靠师徒相授的模式，或者从前辈大师的作品里去揣摩、学习——也就是从文献回顾里去增进个人的批判性思考能力。
以上这些事实意味着，指导教授和研究室学长姐对你的研究能力增长有很大的影响，因此必须慎重选择指导教授和研究室。
从修课培养批判性思考能力
人类的知识有些可以被明确表达出来，甚至融入机械化的操作里，因而易教、易学，算数、加减法与四则混合运算，乃至于几何学证明、微积分、统计学等都是。美国当代哲学家迈克·波罗兰(Michael Polanyi, 1891-1976)称这种知识为「显性知识」(explicit knowledge)；不过他也说过，我们所能知道的知识比我们所能说出来的还要多，这些「能懂而无法明确说出来」的知识被称为「默会知识」或「隐性知识」(implicit knowledge)——譬如美术、舞蹈和音乐的许多知识，都属于隐性知识。
「显性知识」和「隐性知识」经常被拿来做对比，以至于它们看起来像是毫无交集的不同知识；实际上它们更像是人类知识的两个极端，介于期间还有各种不同灰阶的知识——有些比较容易说清楚，有些不那么容易说清楚。连带着，批判性思考也有「显性」和「隐性」的部分，以及介于期间的层次变化。
研究所的课程内容和上课的讨论，是培养专业级批判性思考的第一步，因此美国制度里将博士生的修课列为取得博士学位的必要程序和要件。
很多计量的方法中，已经包含了关于如何分析问题、评估证据等批判性思考的要素，以及如何进行有效推论的要领。而且，这些要领已经跟应用领域的专门知识相结合，所以医学院、工业工程系与社会所的统计课，在数理工具上有高度的共同性，但是课程内容所涉及的概念、术语与专业分析能力却大异其趣。如果你确定要在研究工作中采用某种计量方法，修习相关的研究所高阶课程是培养批判性思考能力的第一步。
在评估创新的策略与研究的构想时，我们还需要一些数理工具以及的批判性思考，它们基本上可以被归类为「质性」的批判性思考。这一类的批判性思考通常比较不容易在计量方法的课程里学到，但是仍旧可以在用案例(case studies)等形式的课程去培养。美术系与设计学院常见的「评圆」，就是一种有助于培养批判性思考的学习活动。
此外，管理学院有些课程是以案例讨论的方式进行，所里招收研究生时已经刻意让学生的背景多样化，以便上课时可以带出多元的讨论观点；如果老师的教案设计有系统，且上课引导得好，学生可以在每一个案例讨论中，练习批判性思考的各种活动，从分析、评估到解释与诠释等，并且通过这些练习与老师的示范，去磨练自己的批判性思考能力。
社会科学院的研究所课程也类似，通常会透过课前的指定阅读和上课讨论，引导学生了解专业领域内典型问题所需要照顾到的各种问题面向与观点，以及进行相关专业领域内分析、推理与批判时所需要注意到的各种要素，并透过这些过程培养学生批判性思考的能力。
比较可惜的是，理工学院最严重欠缺相关的课程设计，因此学生除了在研究所课程学习数理工具，及其延伸出来的批判性思维之外，对于其他偏属「质性」的批判性思考能力，就只能从文献回顾中去培养，或者靠指导教授与研究室学长姐的指点。
批判性思考文献回顾的能力
除了上课的讨论之外，文献回顾可以培养你更接近研究主题的批判性思考能力。你可以从这过程获得更细密、周延而深入的专业知识，也可以透过成熟学者在文献中所展现的批判性思考，来揣摩更加隐性，却更细腻、深刻、严谨的批判性思考。
如果完全只靠自己的专业知识和思辨能力，任何系所的硕、博士生确实都很难准对期刊论文找到它们的缺点、疑点或局限之处。
然而，每一个研究领域都有不同的学派，每一种问题都会有学者提出不同的解决方法或探讨的角度。没有一篇论文会主动暴露出自己的弱点、疑点和盲点，但是学术界竞争激烈，每一篇论文都必须鲜明而扼要的支出自己的优点，和其他竞争者的弱点。因此，凯恩斯学派的经济学者会告诉你芝加哥学派的主要假设有哪些疑点与弱点，而芝加哥学派的经济学者则会告诉你凯恩斯学派的疑点与弱点，还有些跨越这两大学派的学者，会尝试力求公允的评价双方的相对优缺点。这些论文在发表之前都会经过同僚审查，作者在指陈对方弱点与缺点时，必须力求客观、审慎而立论有据，因此都有很高的参考价值。
如果你针对同一主题广泛阅览各派学者的论述，就可以看见他们如何划分派别，互相指出其他学派、方法的主要假设、隐藏性假设、疑点、限制和缺失，以及自己这个学派、方法的优点。只要你有系统的去阅读、对比、分析、汇整这些意见、论点、证据，就可以逐渐厘清各学派的基本假设、方法与数学模型的特质，应用上的限制与优缺点，以及统计资料取样与处理过程的影响等。如果你把它们汇整成条理井然的对照表，就可以知道在这领域内所必需照顾到的问题重点、问题面向，以及既有方法可能的弱点和优点，从而为自己的研究工作找到足以取法借镜的观点、方法和技巧，也从而习得这个领域内批判性思考的重点，用以主动侦测自己研究构想和研究工作中潜在的弱点、瑕疵和谬误。
此外，即便是学术界争论不休而无定论的问题，也至少可以整理出争论不休的原因，从而找到值得进一步研究的题目，或者应该高度提防的疑点与陷阱。
以基本工资近年来的论战为例，加州大学柏克莱分校劳工与就业研究所的麦克·莱奇教授长期支持调整基工资的政策，而加州大学尔湾分校的经济学教授纽麦可则是最著名的反对者，莱奇教授和几位同事在2010年发表一篇著名的期刊论文，声称在选择统计资料时，精心排除与工资无关的因素之后，实证研究显示，调涨基本工资会显著低工资者的基本收入，而且对低工资者的失业率影响轻微或可忽略。这篇论文发表后，马上引来纽麦可教授的攻击，质疑莱奇教授等人的研究过分限缩统计资料的取样范围，不恰当的排除了可以正确反映失业率的资讯，而使得分析结果有严重的偏差。之后双方你来我往，持续发表新的研究成果，以资强化自己的结论，并化解对方的质疑，直到2015年底仍为休战。
一个经济学系的硕博士生如果愿意认真吸纳双方的论点，对于基本工资这个议题所牵涉到的各种批判性技巧、统计资料取样过程必须注意的各种关键性细节，以及资料处理过程，双方所使用的方法特性与局限等，就可以建立起有关这个研究主题的严谨批判性思考能力，从而避免第2章错误示范案例的各种谬误。
如果正反双方的一系列论文读起来还不过瘾，甚至在「公说公有理，婆说婆有理」中拿捏不定自己该如何取舍，那么还有其他立场较中立的大师之作可以参考。譬如，伦敦政经学院的曼宁教授就在2016年写了一篇论文，相当可观的指出，许多因素让基本工资的负面效用不太容易显示出来。如果仔细对比正方反方与中立方的各种论述，就应该可以充分掌握到基本工资这个研究主题，所需要注意到的各种批判性思考的角度与要领，乃至于各种必须注意到的技术性细节了。
因此，文献回顾并不只是消极的去了解既有学术的研究成果，更要积极的在此过程中培养出专业级的批判性思考能力。而这样建立起的批判性思考能力，是维系研究与论文品质的关键，也有助于在毕业后，较迅速的培养出工作上或人生关键时刻，所需要的批判性思考能力。
指导教授与研究能力的培养
指导教授的责任是培养你的研究能力和自己解决问题的能力，而不是替你解决问题。他的第一个责任就是协助你规划研究进度，建议研究主题与研究题目，建议该修或值得修的课，引导你去认识学校里与你的研究题目有关的资源(人、事、物)。
然而有很多指导教授有很严重的瑜亮情结，不喜欢学生去修某些同事的课；有些指导教授把学生当工具，也希望学生尽量把时间用来做研究，花在其他课程的时间进行减少。这样的指导教授有可能会妨碍你培养批判性思考等专业能力，不见得是好老师。
其次，指导教授可以组织研究室内(或者跨研究室)的论文研讨活动，，每周一次，由学长学姐轮流报告精彩的学术期刊论文，分析其中的研究构想与创意、主要的优缺点以及成因，并由指导教授给予进一步的批评与指导，为此提升学生的简报能力、批判性思考，和文献回归的能力。
最后，指导教授有责任针对你的研究题目给予个性化的指导，约莫每月一次。他应该利用这机会告诉你，如何进行文献回顾与发展研究构想；协助你规划研究方向与研究范围，让学生从事研究难度太高，或定义不清楚而过分迂阔的研究题目、范围；引导你对自己发展出来的研究策略和方法进行风险评估，提出必要的预警，并且对你的研究成果扮演一个可观的评价者——基本上就是不告诉你答案，但是告诉你如何去找答案，以及预先防范你在错误的方向上走太远。
在这过程中，指导教授是最有机会教你「默会知识」的人，因为你可以从他的各种示范性动作，去揣摩无法用文字传达的一些思想和智慧。可惜的是，并非每一个指导教授都有兴趣把学生当作「传人」培养。
至于你能不能找到这样的教授来指导你，这就看你的用心寻找与福分了。
