Linux下conda安装及使用

参考的是：
生信技能树conda管理生信软件一文就够
略有改动，主要包括：下载，安装，镜像设置，小环境的创建，激活，退出，软件安装，升级等。

conda下载

直接在搜索引擎搜索 conda 清华，进入Anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua…，找到“Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。”，点击下载页面，下载软件并安装。（miniconda是anaconda的轻量级替代，安装它就不用安装anaconda，miniconda的功能足够我们后续安装软件使用，不需要同时安装两个）,我安装的是miniconda。
根据自己的Linux系统选择安装对应的版本

miniconda安装

安装最新版本的linux版示例：bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh,你可能会遇到下面的提示：

Please, press ENTER to continue
>>> 
# 此处直接点击enter即可

===================================
Miniconda End User License Agreement
===================================
.......
# 这里点击好几次空格键，直到出现下面行

Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> 
# 这里输入yes，点击enter
# 如果输入错误，比如输入yess，又删除不了，此时你应该按enter,重新输入yes即可

[/home/you/miniconda2] >>> 
# 遇到此处时，直接enter即可
# 这里的绝对路径是指miniconda2的安装路径

installation finished.
Do you wish the installer to initialize Miniconda2
in your /home/you/.bashrc ? [yes|no]
[no] >>> 
# 这里输入yes
# 刚开始学的人最好输入yes，目的是让conda自动给你配置环境变量
# 输入yes的结果是：~/.bashrc这里文件里最后几行多了conda的配置信息
# less ~/.bashrc,多出来的配置信息第一行如下：
# added by Miniconda2 4.5.12 installer
.......

Thank you for installing Miniconda2!
# 出现这个代表安装成功

# 执行下面语句
source ~/.bashrc
# 执行后，本身就是没有任何提示

conda --help
# 出现conda的帮助文档信息，即表明conda安装成功
# 这里很重要，不管安装什么软件，都要检测是否安装成功！
# 如下所示
usage: conda [-h] [-V] command ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

Options:
......

# 继续调取conda子命令的帮助文档，如
conda create --help
conda install --help

miniconda配置镜像

因为conda安装软件类似R需要从就近的镜像里安装包一样，因此软件安装成功后，必须配置镜像；但是不同于R安装包，这里软件安装一次，只需要设置一次镜像，此后不需要再次设置！

当然，R语言也可以通过写配置文件，达到一次设置，永久使用镜像的目的。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

将上述语句，一句一句运行在linux命令行上，即复制一句，按一下enter键，原则上没有任何提示即为设置成功；配置信息保存在 ~/.condarc 里，cat ~/.condarc即可查看！

创建小环境

安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装软件；

怎么理解这句话呢？比如你在家里的储藏室放了A东西，但是你还可以再放进去一个柜子，柜子里还可以继续储藏东西，这个柜子就类似一个小储藏室，一个小环境，并且储藏室的环境包含了这个柜子的环境~

你可以创建很多小环境名，有的小环境坏了，你不要就可以了，就好比柜子坏了，你可以扔了，但是如果你把自己账户环境折腾坏了，好比储藏室被你搞坏了，那恢复的代价就高了~~~

conda create -n rna
# 创建一个小环境名为rna

conda install python=2
# 安装python 2版本
# 以上两句话可以等同于一句命令：conda create -n rna python=2

查看小环境

conda info -e
conda info --envs
conda env list
# 都是来查看已经存在小环境名的

# 运行后如下：rna即为刚刚建立成功的小环境名

$ conda info -e
# conda environments:
#
base                  *  /home/you/miniconda2
rna                      /home/you/miniconda2/envs/rna
进入小环境
创建小环境后，安装软件前，一定要进入/激活小环境在安装，否则会安装到当前账户环境下。

 source activate rna：激活小环境名为rna的环境

激活成功显示为：(rna) you 16:49:30 ~，用户名前多了(rna)

进入小环境

创建小环境后，安装软件前，一定要进入/激活小环境在安装，否则会安装到当前账户环境下。

source activate rna：激活小环境名为rna的环境

激活成功显示为：(rna) you 16:49:30 ~，用户名前多了(rna)

查找软件

从conda网页内查找：http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html
conda search PACKAGENAME：运行命令查找是否存在

推荐第一种；

安装软件

第一步：先从bioconda镜像查看软件名具体是什么？一个字母都不能错

第二步：conda install 软件名

第三步：成功调取软件帮助文档==确定安装成功

这里有点类似R包的安装，装后需要library()一下，才能确认安装成功

安装方法：conda install -y sra-tools trim-galore

参数解释：-y要不要均可，是问你同不同意安装，不要的时候，需要手动输入一个y，自己尝试后就理解了这句话含义；sra-tools trim-galore安装两款软件，默认安装最新版；注意 trim-galore 一个字都不能错，一个字都不能错，重要的事情说三遍！

指定软件安装版本

conda install numpy=1.11：即安装能模糊匹配到numpy版本为1.11

conda install numpy==1.11：即精确安装numpy为1.11的版本

Constraint type	Specification	Result
Fuzzy	numpy=1.11	1.11.0, 1.11.1, 1.11.2, 1.11.18 etc.
Exact	numpy==1.11	1.11.0
Greater than or equal to	"numpy>=1.11"	1.11.0 or higher
OR	"numpy=1.11.1	1.11.3"	1.11.1, 1.11.3
AND	"numpy>=1.8,<2"	1.8, 1.9, not 2.0

更新软件

conda update conda：更新conda

conda update bwa：更新bwa；前提是已经安装成功bwa

查看已安装软件

conda list：在当前小环境下，列举所有安装软件。

示例：

source activate rna

conda list

列举rna小环境内安装的所有软件

退出小环境

conda deactivate: linux下conda退出小环境命令

移除小环境

conda env remove --name bio-env：删除小环境及里面的内容

其他注意内容

pip安装

先安装python，才能使用pip安装python的软件，如pip install multiqc

miniconda安装失败

删除安装目录，如果安装到了/home/you/miniconda2里，执行rm -r /home/you/miniconda2
删掉~/.bashrc最后几行conda写入的信息(# added by Miniconda2 4.5.12 installer下面几行一般都是)，如果没有# added by Miniconda2 4.5.12 installer的话，即表明conda配置的信息没写入成功

然后按照上述步骤重新安装！

conda网络错误

报错如下；

CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-64/homer-4.9.1-pl5.22.0_5.tar.bz2>Elapsed: -An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.

实际上，我已经设置好了镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondaconda config --set show_channel_urls yesconda config --showconda install -y -c bioconda homer

人为指定channel 可以解决bug

conda install -y -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda homer

conda 安装软件经常冲突

事实上不可能有十全十美的工具，conda非常简易的管理了多个软件流程，那么必然也会有解决不了的事情，必然同一个流程的两个python软件基于不同版本的python包，就尴尬了。

Solving environment: failedUnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:  - rsemUse "conda info <package>" to see the dependencies for each package.

没什么好的办法，只能说把冲突的工具安装到不同的子环境。

Solving environment: failedPackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:  - salmon  - boost=1.64  - salmon  - libcxx==4.0.0

配置镜像出错

conda: command not found# 表明环境变量里找不到conda这个软件# 出错原因：.bashrc里没有配置conda的PATH或者配置过但是没有source ~/.bashrc# 检验方法：运行echo $PATH，查看是否含有conda安装路径Warning: 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge' already in 'channels' list, moving to the top# 表明之前已经运行过这句代码# 复制镜像配置语句时复制错误，需要重新配置时，需要删除镜像配置文件rm ~/.condarc # 然后重新配置，参考miniconda配置镜像

总结

一步安装conda并且配置好一个ngs组学环境

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh# miniconda2软件下载成功bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh# 遇到yes/no输入yes，其他直接enter搞定source ~/.bashrcconda --help# miniconda2安装成功，并成功配置好环境变量conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondaconda config --set show_channel_urls yes# 配置镜像成功conda create -n rna python=2# 创建小环境成功，并成功安装python2版本# 每建立一个小环境，都要装一个python=2的软件作为依赖source activate rna# 成功激活进入小环境，即可安装软件conda install -y fastqc# 出现三个done,即表示安装成功，否则重新提交命令fastqc --help# 成功出现帮助文档，fastqc软件安装成功conda install -y sra-tools# 出现三个done,即表示安装成功，否则重新提交命令prefetch --help# 成功出现帮助文档，sra-tools软件安装成功# 安装什么软件，并不等于调用什么命令--helpsource deactivate# 成功退出rna小环境# 或直接退出当前账户