2021-04-15小白安装单细胞软件CellPhoneDB安不上,报错h5py,一步步解决

背景

单细胞分许需要的其他软件或R包都通过conda安装好了,最后只剩CellPhoneDB了。有了iTALK的经验之后,我有了一点信心:报错不要紧,我一个一个解决。

第一步,直接安装,报错

按照老师给的命令直接进行安装:

pip install cellphonedb #安装python包CellPhoneDB
然后就报错了,如下:


Snipaste_2021-04-15_17-07-43.PNG

第二步,分析问题+试错

报错信息刷屏了,看不完,一堆关于hdf5的warning,最后面这一部分还说了error:““fatal error:hdf5.h:No such file or directory”,那我就安装hdf5,先conda找一下有没有hdf5,如下:


这种显示就是网络的问题

这个命令多试了几次,网络通了,找到如下:


Snipaste_2021-04-15_17-38-45.PNG

然后安装:


Snipaste_2021-04-15_17-43-53.PNG

3个done表示安装完成,然后我重新运行pip install cellphonedb,还是报错呢,如下:


Snipaste_2021-04-15_17-45-44.PNG

但hdf5是安装成功了,因为我import了一下,在python里可以进去,没报错:
Snipaste_2021-04-15_19-50-35.PNG

虽然跟上次报错不太一样了,但还是有,而且最后还是rolling back uninstall of h5py,我推断还是跟h5py有关,多半是什么乱起八糟的依赖没搞定,可惜不能conda库里没有cellphonedb包,不然conda安装绝对是最佳选项,好吧停止幻想,继续解决问题。

另外,报错信息刷屏了,看不完,这不利于我检查到底哪里有错误,特别是第一次开始出现错误是在哪里啊?最后说“check logs for full command output”,那我怎么check啊,我就把结果输出到out文件里,去cat里面的error:

Snipaste_2021-04-15_20-14-38.PNG

Snipaste_2021-04-15_20-14-03.PNG

都只跟h5py有关啊。然后上网搜索,有一篇说是没安装cython的问题:


图片.png

我的error里没有说cython的事儿(因为我grep了整个日志的嘛),但是我在python里找了一下确实没有cython:
Snipaste_2021-04-15_20-20-25.PNG

死马当活马医,反正只是多装一个cython而已。于是我就在Linux里先conda装 cython,再conda装 h5py,最后pip install cellphonedb,竟然一切正常了:


Snipaste_2021-04-15_20-59-35.PNG

cellphonedb确实可以用了:


Snipaste_2021-04-15_21-02-32.PNG

哈哈。
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