AndroidManifest.xml中有一个package属性
build.gradle中defaultConfig下有一个applicationId
这两者有什么区别呢？
在老版本的Eclipse中做android开发程序的包名是一样的。而在android studio中做android开发则会有两个类别，一个是 PackageName，是我们项目中指定资源的包名。一个是ApplicationId 是用作发布的时候和引用第三方项目作为识别的包名。
所有的 Android 应用程序都有一个包名。包名是设备上的这个应用程序的唯一标识，也是在谷歌Play商店上的唯一标识。这意味着，一旦你已发布的程序使用了这个包名， 你就永远都无法改变它；如果修改了就会导致你的应用程序被当作是一个全新的应用程序，你之前的应用程序的用户也不能更新到使用了新的包名的安装包。
在此前的 Android Gradle 构建系统中，您的应用程序的包名由你的manifest文件的根元素里的package属性决定：
AndroidManifest.xml:
<manifest
xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"
package="com.example.my.app"
android:versionCode="1"
android:versionName="1.0" >
然而，这里所定义的包也有第二个目的：它被用来命名你的资源类的包（以及解析任何相关的Activity的类名）。在上面的示例中，生成的 R 类将会是com.example.my.app.R，因此如果您其他包里面的代码需要引用这些资源，就需要导入com.example.my.app.R
使用新的 Android Gradle 构建系统，你可以轻松构建多个不同版本的应用程序；例如，您可以构建一个“free”版本和“pro”版本的应用程序 （通过使用flavors），并且这些不同版本的程序在 Google Play 商店上应该有不同的包，这样他们可以被单独安装和购买，或者是同时安装两个，等等。同样，您还可以同时创建“debug”、“alpha”和“beta”版本的应用程序 （使用build types），而这些版本的程序同样可以使用唯一的包名。
同时，您想要在代码中导入的 R 类必须在这段时间内保持不变 ；在您正在构建您的应用程序的不同版本时您的.java 源文件不应该被更改。
因此，我们解耦了包名称的两种用法：
最终的方案是，在您生成的.apk 的manifest 中，并且用于在你的设备和 Google Play 商店来标识你的应用的包，叫做“application id”。
用于在源代码中来引用您的R类的，并且是解析任何相关的Activity/Service 注册的包，继续被称为“package”。
你可以在你 gradle 文件中，指定application id，如下所示：
app/build.gradle:
apply plugin: 'com.android.application'
android {
compileSdkVersion 19
buildToolsVersion "19.1"
defaultConfig {
applicationId "com.example.my.app"
minSdkVersion 15
targetSdkVersion 19
versionCode 1
versionName "1.0"
}
...
像以前一样，你需要在 Manifest 文件中指定用于代码的包，就如上面的AndroidManifest.xml示例一样。
这里说到了最关键的部分：当你像上面那样做时，这两个包是互相独立的。你能够完全自由地重构您的代码——更改用于Activity和Service的内部包，更新你的Manifest里的包，和重构您的导入语句。这都不会影响到你的程序的最终id，这个最终的id的值总是为你的Gradle文件中指定的applicationId的值。（笔者注：packageName在代码中使用，通常在AndroidManifest.xml中指定，applicationId则只是用于程序的标识，通常在build.gradle中指定。这样有一个好处，假如你想发布一个免费版，一个收费版，你只需要在build.gradle中把applicationId后面加上免费版的后缀包名（如".free"），收费版加上收费版的后缀即可，而不需要修改你的其他代码。）
你可以通过使用以下的 Gradle DSL 方法，为不同的flavors和构建类型修改您的应用程序的 applicationId：
app/build.gradle:
productFlavors {
pro {
applicationId = "com.example.my.pkg.pro"
}
free {
applicationId = "com.example.my.pkg.free"
}
}
buildTypes {
debug {
applicationIdSuffix ".debug"
}
}
....
注意：出于兼容性原因，如果您没有在您的 build.gradle 文件中定义 applicationId，这个applicationId 将默认为 AndroidManifest.xml 中所指定的相同的值。在这种情况下，这两个显然未解耦，并且如果你试图重构您的代码也将会意外地更改您的应用程序的 id ！在 Android Studio 中，新建的项目始终会指定这两个值。
整理自：http://blog.csdn.net/maosidiaoxian/article/details/41719357
