1.有机肥所含养分全面，但含量较低，要配合无机肥一起施肥。
2.根据种植土壤的质地、气候以及种植作物的生长习性、需肥特性，选择合适的有机肥料进行合理施肥。
3.严格控制施肥量。
有机肥的用量太多，不仅是一种浪费，而且也可造成土壤障碍，影响作物生长发育。在保护地栽培中，若长期大量施用有机肥，也可导致土壤营养元素过剩、土壤盐渍化，从而引起农产品生长不良、硝酸盐含量超标、品质下降等问题。
饲料添加剂往往含有一定量的重金属，这些重金属随畜粪便排出，会严重污染环境，影响人的身体健康。
4.施用方法
采用开沟条施或挖坑穴施的方法，进行集中施肥，施后及时覆土；若采用撒施，施后应翻入土壤。
5.有机肥与化肥、生物肥混合施用
一般将有机肥与化肥混合施用，效果更佳。
无论是基施还是冲施，最好配合生物肥施用，在与生物肥配合施用后，生物肥中的生物菌能加速有机肥中有机质的分解，使其更有利于作物吸收，同时能将有机肥中的一些有害物质分解转化，避免其对蔬菜造成伤害。
6.有机肥的使用禁忌
腐熟的有机肥不宜与碱性肥料混用，若与碱性肥料混合，会造成氨的挥发，降低有机肥肥效。
