一项刊登在《PLoS Genetics》杂志上的研究报告，来自丹麦的研究人员对62名不同男性的部分Y染色体进行了测序，结果发现，Y染色体更倾向于进行大规模的结构重组来促进基因扩增，而多个拷贝基因的获取或能有效促进健康精子的功能，同时还能减缓基因的缺失。由于Y染色体不像其他的染色体一样成对出现，而且只能“父传子”，所以Y染色体上的基因无法进行基因重组，而基因重组是为了消除受损的基因变异。因为无法进行基因重组，Y染色体在代代相传的过程中发生了退化现象。
关于Y染色体是否会消失的问题，科学界（比如英国）目前分为“激进派”和“保留派”，后者认为Y染色体的防御机制做得很好，而且这种机制能够挽救Y染色体，但前者则认为，Y染色体所做的所有事情都只是能让其更好地存在，如今两组持不同观点的科学家们仍然在继续讨论着。
来自澳大利亚拉特布大学的研究人员珍妮格·雷夫斯表示，如果从长远角度来看的话，Y染色体的命运或许是注定无法改变的，即使坚持的时间比预期的长一点。珍妮格·雷夫斯指出，来自日本的小鼠和田鼠已经完全失去了Y染色体，而且Y染色体发生的基因丢失或创造的过程会不可避免地诱发小鼠的生育问题，这或许最终会推动完全新型的物种形成。即便某些物种已经彻底丢失了Y染色体，但是雄性个体仍然存在，且为物种繁衍必备。在这些物种身上，决定“重大转变”的SRY基因已经移动到了其他染色体上，因此不需要Y染色体便可繁衍出雄性个体。
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