对于画进化树，其实有很多的软件和方法，有命令行的，也有可视化界面的，还有在线网站（iTol）这样在线美化的，但是对于生信小白来说，最重要的是先上手，这里简单记录一下，最快速度在windos电脑上用MEGA画一个进化树，这里暂时先不介绍进化树的意义和看法，也不涉及算法和美化。
Let us do it !
1. 进入MEGA网站下载软件安装程序
https://www.megasoftware.net/
点击网址，进入，点击DOWNLOAD下载即可
下载MEGA
下载完成以后是一个exe文件：
exe安装文件
然后双击安装，一顿确定以后，软件就安装好了，我选的是图形界面，方便生信小白操作
然后打开软件界面如下：
界面
2. 输入文件
输入的文件，这里暂时介绍最简单的fasta格式的文件，就是一行蛋白名称，一行氨基酸序列这种的：
举例如下：
输入文件的格式
这个文件需要自己准备好
3. 进行多序列连配
点击ALIGN
align
选择第一个
build alignment
选择 retrieve a sequence from a file
选择
点击OK以后，选择要输入的文件，就是刚刚前面说的那个fasta文件
出来的结果如下：
alignment的结果
然后点击DATA -> export Alignment -> MEGA format
把这个多序列连配文件保存好
4 画树
点击刚刚保存好的文件，这个时候主屏幕会有个图标出现
刚刚的文件
点击这个图标，出现文件的细节
点击主屏幕上的PHYLOGENY
选择construct/test Neighbor-joining Tree (选其他的也可以，这里只是演示，具体要看生物学问题)
然后这边用默认参数，具体参数的意义和设置要仔细去研究论文和帮助文档
然后树就画好了：
MEGA的树
5 调整
这里简单说一下这几个按钮
调整树的形状
可以调整出来不同的树的形状和表现形式
分支形式
曲线形式
圈状树
当然这里面还有很多其他的调整形式，不过这个已经算是画出一个树。
后面需要继续介绍如何美化进化树和看懂进化树。
