fastp去umi测试 在二代测序中，由于文库的质量偏低，通常需要增加umi以标记reads序列常规有使用一下两个方法进行去umi: 方法一：使用-U的命令 fastp -i...
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从picard 谈linux上软件的安装
一、进入https://anaconda.org/ 查看，如果有，那就太方便啦！picard 就是有的！害，我白忙活了一下午 conda install -c biocond...
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homer安装和使用
介绍 安装 1.下载homer文件 网址：http://homer.ucsd.edu/homer/download.html 下载其中名为configureHomer.pl的...
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10X单细胞空间联合分析之再次解读cell2location到了年根了，其实想总结一些之前的东西，其中cell2location很想再次分享一下，好好研读一下。 Cell2location 是一种有principled Bayesia...
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软件3 —— Trim Galore和Trimmomatic
一、 基本介绍 Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序，包括RRBS (Reduced Representation Bisu...
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玩转单细胞(7)：修改Seurat对象基因名称玩转单细胞(2):Seurat批量做图修饰[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid=2247486164&i...
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Scanpy数据结构：AnnDataAnnData是python中存储单细胞数据的一种格式 1. AnnData数据结构： 主要包含四个slots：X contains the expression matri...
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snakemake学习笔记杂记：shell命令里有大括号，制表符和单引号双引号的写法
直接上一个例子 如果有大括号，就用两个， 制表符需要用两个斜杠\\t换行符\n也是这样 单引号和双引号 正常写就行
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：可视化套件单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：预处理与聚类 单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：PAGA轨迹推断 单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：使用ing...
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TT-seq文献阅读(TT-seq maps the human transient transcriptome)今天的笔记是关于另一种RNA测序的方法，称为TT-seq。其实这些测序方法在几年前被人们所使用了，但是因为自己并不了解这些知识，所以要慢慢的补起来。 文献题目：TT-seq ...
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为什么CytoTRACE会失效？CytoTRACE是 2020 年发表在Science 上的一个trajectory 推断工具，其原理是基于一个经验性的观察，即基因表达数目和发育阶段的相关性，differe...
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CytoTRACE——拟时轨迹分析
什么是CytoTRACE CytoTRACE（使用基因计数和表达的细胞（Cyto）轨迹重建分析）是一种计算方法，可根据单细胞 RNA 测序数据预测细胞的相对分化状态。Cyto...
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CytoTRACE：推断拟时细胞起点辅助在做monocle的时候，我们最纠结的地方莫过于确定细胞的起点了。如果是比较明确的分析知道起点，或者有参考文献，结合自己的生物学背景能够推断还好，可是如果自己一篇空白，该怎么...
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pyscenic | 单细胞转录因子分析，原理图文详解pyscenic做为scenic的python版本，相比R版本实现了分析速度上的巨大提升，尤其是最耗时的共表达网络构建步骤。实测时间如下，数据集1 (4257 cell x ...
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单细胞：不同亚群的基因平均表达热图单细胞分群后，想看某些基因在不同cluster中的平均表达值，以及表达这些基因的细胞在不同cluster的占比。接触过Seurat的同学，应该都不会觉得难，因为在Seur...
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告别窘迫：修改conda环境和缓存默认路径
默认情况下，conda 创建的新环境 以及过往安装的模块缓存都存储在用户目录下，这一点不会在 conda （user-specific）配置文件 $HOME/.condarc...
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使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组...
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如何查询NCBI里基因信息的所有历史版本最近更新频率很慢，因为我忙于课题，没有很多大块的时间进行学习。现在深刻的体会到实验室的氛围如果很好的话（这里的氛围指的是同学以及老板），做起实验来也是充满动力的，而且心情也会...
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PRO-seq文献阅读Base-pair-resolution genome-wide mapping of active RNA polymerases using precision nucl...