今天遇到一个非常棘手的问题,在用BiocManager安装一个R包clusterProfiler时,需要我把R包更新到4.0以上的版本。 好吧,那我安装了R版本也在Rstud...
今天遇到一个非常棘手的问题,在用BiocManager安装一个R包clusterProfiler时,需要我把R包更新到4.0以上的版本。 好吧,那我安装了R版本也在Rstud...
前言 R对windows使用很友好,对Linux来说充满了敌意。小数据可以在windows下交互操作,效果很好很棒。可是当我们要处理大数据,或者要在集群上搭建pipeline...
第一种方式,当然是R自带的函数直接安装包了,这个是最简单的,而且不需要考虑各种包之间的依赖关系。 对普通的R包,直接install.packages()即可,一般下载不了都是...
今天上午看了好几个教程,踩了好几个坑,把服务器配置上了jupyter,安上了之后一试用,觉得哇,又好看又方便,一瞬间就入坑了。 之前因为自己的电脑实在带不动上万个单细胞的数据...
前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包,就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做G...
Yes。 不得不佩服这帮开发conda的程序员,使用Conda可以回滚(rollback)到上一次的安装状态,而且还非常简单。 我在某个环境安装某个软件后,我以为没有依赖这个...
1.1实验目的 l熟练掌握Vim的常用操作方法,熟悉Vim的3种操作模式 l熟悉Shell脚本环境,编写简单的Shell脚本程序 1.2实验内容 l在Linux环境下安装Vi...
这个需求真的太常见了!注意问题强调的几个关键词:一是快速,二是大量,三是差异明显。在生成大量元素比较图时要明显区分不同样本,比如宏基因组中的物种分析: 方法一:自定义 自定义...
首先声明下面整理的内容都来自于网络,并在文末注明了引用的出处,本内容仅用于学习交流,禁止用于商业用途,如有侵权,请联系删除。目前自己常用的调色R包有: ggsci[http:...
1. 为什么我们要进行Normalization 测序深度:某些低表达量的基因只有在较高的测序深度时才能检测到。一般而言,随着测序深度的增加,基因种类以及可变剪接体的数目也会...
本节来介绍如何使用 element_blank() 来控制ggplot2 图像的外观 依旧还是使用企鹅的数据集 1. 删除主要网格线 2. 删除次要网格线 3. 删除图像背景...
记住是summarize函数而不是summarise函数 summarize函数可以进数据框折叠成一行 计数本质上返回的是分组后的行数 group_by为分组函数,是如果我们...
本节来介绍dplyr中的重要函数count,summarise,group_by count count 统计观察次数 也可以在一个count()语句中添加多个变量 summ...
前面的2节介绍了数据的格式转换宽表转长表函数pivot_longer以及行过滤函数filter( )今天来继续介绍列选择函数select( )的使用 选择列:基础 要选择几列...
1.问题 今天利用R写循环的时候出现了一个问题,循环内会产生多个数据框,希望将这多个数据库合并并生产一个最终的数据框,最后利用了list和do.call()功能进行了实现。 ...
ggplot2基础(5)——配色与图例 参考《R数据可视化手册》、《R绘图:一文了解ggplot2颜色的设置[https://zhuanlan.zhihu.com/p/148...
pheatmap交互 最近ComplexHeatmap更新可以将pheatmap对象进行参数转换。新增的ComplexHeatmap::pheatmap()的功能与pheat...