许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positive selection), 网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析...
MAKER配置文件详解 本文翻译自http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php...
如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候,大家得到的序列都是单个基因的长度,所以一般都是逐个基因的比较,用的都是BLAST或...
在我写的基因组survey介绍了如何通过jellyfish统计k-mer然后绘制k-mer分布图研究基因组的方法。由于最近又在搞基因组surve...
本文首发于我的个人博客, http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用...
之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件[https://www.jianshu.com/p/a8d70b66794c], 详细介...
基因表达 什么是基因表达,如下是来自于维基百科的解释: 研究方法 定量PCR 这部分我不太懂,所以就放几段百度百科和维基百科的定义。 百度百科 ...
在2年之前我写过一篇教程介绍MUMmer软件的使用方法,可以通过如何使用MUMmer比对大片段序列阅读。 MUMmer作为一个比对工具,它的主要...
通常情况下,我们都不需要考虑组装中的污染问题。如果我们的样本经过一定清洗,那么测序过程中就很少会测到目标样本无关的序列,因此在组装过程中,这些序...