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    UpSetR:集合可视化神包

    对于集合的可视化,第一时间想到的都是韦恩图(venn diagram),一般集合不超过5个的时候,可视化效果还是不错的 但是一旦数据集增加,比如...

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    计算分子进化-搞懂PAML的正选择分析

    许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positive selection), 网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析...

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    说说R语言的转置

    在群里看到了一个问题,他用R语言的转置函数t()对下面形式的数据进行了转置 转置之后的数据结构如下 他发现转置之后多了一行,也就是有了genei...

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    「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释

    我们用于实战的数据集来自于2019年发表于NG的西瓜文章,它提供了GATK过滤后的SNP数据集用于分析,并且附录提供了完整的样本信息。该SNP数...

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  • 使用MAKER进行基因注释(基础入门)

    在基因组注释上,MAKER算是一个很强大的分析流程。能够识别重复序列,将EST和蛋白序列比对到基因组,进行从头预测,并在最后整合这三个结果保证结...

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    「三代组装」使用新版Falcon进行三代测序基因组组装

    这里的新版指的是PacBio公司在2018年9月发布pb-assembly, 而这篇文章是在2018年9月30日发的。 今年早些时候在参加三代培...

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    「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析

    谈论到直系同源基因分析的时候,大部分教程都是介绍OrthoMCL,这是2003年发表的一个工具,目前的引用次数已经达到了3000多,但这个软件似...

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  • 如何安装JCVI

    使用conda安装 使用时需要启动环境 在此基础上可以更新到最新版的JCVI (Github版本会不断的增加新功能并修订bug) 安装额外的依赖...

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    应该是最新最详细的MUMmer中文使用说明

    如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候,大家得到的序列都是单个基因的长度,所以一般都是逐个基因的比较,用的都是BLAST或...

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