00 写在前面 测序后公司交付数据时,一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理,记得一定要...
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什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库,...
GOplot 包通过封装好的函数可视化基因功能分析结果。 #1. 安装 #2. GOplot 内置数据 ##2.1 脑和心脏内皮细胞的转录组数据...
deepTools 是一套基于python开发的工具,适用于有效处理分析高通量测序数据,可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase...
网络爬虫(web crawler),也叫网络蜘蛛(spider),是一种用来自动浏览万维网的网络机器人。其目的一般为编纂网络索引。各大搜索引擎都...
笔记内容:由二代测序产生的序列数据(fastq格式)到物种丰度的OTU table, 样本群落距离矩阵,物种多样性指数,序列的进化树及物种注释信...
00 写在前面 仅针对人类WGS或WES数据,供参考。时间管理某一点:能自动化的工作尽量自动化,不要时间用在毫无意义的重复上。脑袋好比肌肉,需要...
GATK现在最新的稳定版已经到了3.8,测试版是4.0。3.8版和之前的版本还是有比较大的不同的,但核心算法与4.0的差异不大,4.0主要整...
pheatmap参数: 网上有针对热图绘制的粗略讲解,但是都是参数不完整,可能不能满足所有人需求,于是手动整理了热图的全参数介绍。 mat 数组...
专题公告
高通量数据的处理,生物大数据分析,基因组,转录组,表观遗传。
linux,python,perl,R
samtools,GATK,Plink,bedtools