生物信息 - 专题

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生物信息

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测序数据基本信息统计 | reads,coverage,depth
00 写在前面测序后公司交付数据时，一般会提供质控后的clean data和后续的基础分析结果。因为可能需要自己来进行数据的预处理，记得一定要...

5.3 fatlady 14 104
deepTools 使用指南
deepTools 是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase...

6.3 JeremyL 9 66

微生物组16S rRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTU table
笔记内容：由二代测序产生的序列数据（fastq格式）到物种丰度的OTU table，样本群落距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信...

2.1 GPZ_Lab 2 63
简单的基因ID转换
基因ID转换有很多方法，对高手如饮水吃饭，对新手来说却是很难逾越的高山，我推荐两个简单迅速的方法：一网页工具 https://biodbne...

0.4 落寞的橙子 1 7
去除PCR冗余
在fastq水平： FastUniq ref官网：FastUniq download | SourceForge.net 使用：建议先trim...

0.8 苏牧传媒 2 8
RNA-seq: Kallisto+Sleuth(1)
本文我们来简单介绍一下非常快捷好用的一个RNAseq工具——Kallisto。Kallisto被我推荐的原因是其速度非常快，在我的Mac Pro...

2.2 jlyq617 10 24
RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)
Kallisto下游推荐的分析软件是Sleuth，所以我们本次介绍如何使用Sleuth进行相关的分析。 RNA-seq在完成转录本的鉴定及定量后...

1.2 jlyq617 19 13

SRA Toolkit - prefetch 快速下载NCBI SRA数据
sratoolkit 是NCBI提供的用于处理来自SRA 数据库测序数据的一个工具包。 #1. sratoolkit 配置 #1.1 srato...

2.7 JeremyL 9 41
GATK-3.8(最新稳定版)遗传突变分析流程(SNPs和INDELs)
GATK现在最新的稳定版已经到了3.8，测试版是4.0。3.8版和之前的版本还是有比较大的不同的，但核心算法与4.0的差异不大，4.0主要整...

3.7 生信杂谈 1 50 1
Qiime1-1.介绍
倒腾学习了一段时间的qiime1和qiime2，决定苦心整理一下学习成果。虽然不知道啥时候才能更完。主要参考下述网站的分析流程：https://...

0.2 jlyq617 28 5