简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的rea...
简写 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百万映射读取的rea...
LD衰减距离指的是,当平均LD系数衰减到一定大小(最大值的一半/0.5以下)的时候,对应的物理距离。通常用LD衰减距离来描述LD衰减速度。LD衰减速度越快,即衰减距离越小,说...
写在前面 在进行染色体挂载之前一般对得到的 "primary assembly"(主要组装/初始组装结果)进行进一步的优化,以减少错误,提高基因组的质量和准确性。然后再将这些...
表1:做箱图 表2:做柱形图 X轴配色 segment和配色 ggplot boxplot barplot segment
drep可对基因组集去冗余,留下非冗余基因组集。从运行过程来看,先进行基因预测,然后用chekm做基因组质控,也因此需要安装配置checkm,去冗余基于ANI有关的参数。 文...
安装使用 比对nr库 提速办法 亲测增加 --block-size 15 --index-chunks 1这两个参数后速度提升10倍以上。 参考:使用DIAMOND将全基因组...
1.简介: (1)介绍:MCScanX[http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm]采用改进了的MCScan算法,分析基因组内或者基因组间的...
软件安装 软件地址在http://www.compgen.uni-muenster.de/tools/teclass/index.hbi?, 由于TEclass这个软件已经许...
写这篇文章一部分原因是填2年前的一个坑 转录组入门(7):差异表达分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波无重复的差异表达分析, 所以专门去学了edgeR 我个人是不太推荐...