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    基因组文章构成

    1.genome survey 数据过滤去除测序原始数据中可能包含低质量、接头污染以及含 N 过高的 reads NT比对通过BLAST对下机数据过滤后的有效数据进行 NT ...

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    从零开始学Circos绘制圈图(一)

    一般基因组文章都会有下面这种酷炫图,用来描述基因组的基因密度分布,转座子的密度分布,和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系,以及其他各种你只要测序就能加上的信息,比如...

  • 好的!感谢感谢!

    pse-genome(伪基因组)的制作

    最近做课题,要做pse-genome。什么意思呢,就是要把某个个体call出来的snp替换掉参考基因组对应位置的碱基。这个刚开始接触的时候,头皮发麻,不知道咋入手。后来发现用...

  • 漂亮的工作!

    六倍体小麦重测序WGS分析-染色体拆分,snp,indel,sv及circos画图(待调整)

    背景:最近慢慢走起了小麦基因组重测序分析,进行分享。小麦基因组庞大(17G),所以其他物种的流程能出来,小麦的bug会让你怀疑人生。 染色体拆分-建立索引-比对-横向分析(r...

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    绘制 SNP 密度图

    一般使用 CMplot 绘制SNP密度图:包链接:https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要绘制 SNP 密度图,仅仅需要三列即可:a. 第...

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    Markdown基本语法

    Markdown是一种纯文本格式的标记语言。通过简单的标记语法,它可以使普通文本内容具有一定的格式。 相比WYSIWYG编辑器 优点:1、因为是纯文本,所以只要支持Markd...

  • GATK4已经省了这两步了,全都整合在了HaplotypeCaller里面

    bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程

    call SNP GATK bwa+samtools 参考文档 一、原始数据处理 测序得到的RAW DATA,使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/Il...

  • 大神,您好!冒昧的打扰,请教个问题。我在用bismark比对的时候,调用bowtie2报错,以前是可以跑通的,请问遇到过这种问题吗?报错如下:Error reading _ebwt[] array: 5231232, 124768704 Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1)

    DNA甲基化

    DNA甲基化是表观遗传学研究中的一个重要一个分支,符合表观遗传学DNA的序列信息没有改变的特地点,而是DNA的碱基发生了化学修饰。最常见的一种修饰如5-甲基胞嘧啶(5-met...