发简信
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问卷数据的效度与信度分析
李克特量表是调查问卷中经常使用到的表格形式，它将一组指标分为五个等级：非常赞同、赞同、一般、不赞同、非常不赞同，分别计分为5、4、3、2、1。对...
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snakemake分析双端测序的RNA-seq数据
上一次讲述了如何利用snakemake进行RNA-seq分析流程的构建：RNAseq分析流程：从测序Rawdata到Count输出，但是只针对单...
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Bland-Altman一致性分析
临床上，如何评判两种检测方法学的一致性呢？对于定性资料，一般是通过kappa一致性分析：比如，如何评价C13呼气试验和病理活检对幽门螺旋杆菌（H...
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基因在肿瘤与正常组织中的表达（TCGA）今天给大家介绍一款R包：TCGAExpression, 可以检索基因在33种肿瘤组织 vs 正常组织中表达。顾名思义，这个包功能实现是基于TCG...
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单细胞注释工具
参考文章：原链接[https://db.cngb.org/science/ARTtoo174/]一般原则是识别单个细胞或细胞簇中与已知细胞类型或...
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对miRNAs靶基因进行批量预测
1.提取miRNAs 2. 由starbase API数据库进行下载(10s检索完成） 3.将所有的miRNA靶基因进行合并整理 每个文件都有这...
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bwa 建立索引
bowtie2和hisat2的索引在网上都可以下载得到，但是bwa的索引我怎么都没找到，没办法只能自己搞起来。之前用个2核4G的服务器，怎么都建...
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R语言提取TCGA数据库clinical.json中的临床信息
转自“医学统计园”微信公众号。 读入clinical.json文件 计算文件长度n，在这里n为348 初始化变量 利用一个for循环由json文...
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clinical.json 数据中注释信息提取
在之前的基础上：TCGA clinical_data.json中临床信息的提取，对之前那的perl脚本进行改进。 这个是处理之后的脚本，相比之前...