rMATS是常用的选择性剪切（alternative splicing）分析软件。目前最新版是rMATS 4.1.2，已经可以通过conda安装，步骤如下：第一步创建小环境r...
发简信
IP属地：香港
-
选择性剪切分析软件rMATS 4.1.2安装 -
在Linux上不依赖管理员安装LaTex
LaTex的安装并不需要管理员权限 You do not need to be root (administrator on Windows) to install, use...
-
点点点，KEGG Pathway 通路富集分析写在前面 前段时间，推过两个教程，分别是：1.《零基础快速完成基因功能注释 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握》 ...
-
零基础-绝对完成GO/KEGG pathway富集分析-和-绘图写在前面 约莫一个月前，不知为何，突然收到好几个朋友问了一些TBtools的使用问题。按照我个人的设想，TBtools的使用应该不会存在使用问题。从开放使用至今，几乎没有停止...
-
2022-05-24如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列？
NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换这篇文章有读者留言想要提取外显子，内含子，启动子，基因体，非编码区，编码区，TSS上游1500,TSS下游500的序列。下面我...
-
参考基因组新时代 — “单倍型”参考基因组高杂合、多倍体一直是组装中的难点，以往的做法就是构建单倍体或双单倍材料(double-haploid )来进行组装，但同时也没有办法获得全面的基因信息。目前主流的组装算法倾向...
-
生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程
最近Orthofinder2开始陆续更新，文章已经投发到biorkix上，在网上搜了一圈，关于Orthofinder的使用的中文教程几乎是空白的，这周就借此机会和大家一起来学...
-
Paml分析过程中根据Othogroups信息和物种树生成对应的基因树
首先根据系统发育分析我们得到一个物种树文件， 对每个单拷贝基因进行正选择或适应性趋同分析，需要输入基因树。因此，我们根据genelist和物种树文件，生成一系列基因树文件。 ...
-
计算分子进化-搞懂PAML的正选择分析许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positive selection), 网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只...
-
使用wgd进行全基因组复制分析这篇教程是我在2019年9月左右分析WGD时的笔记。目前来看，背景介绍和软件使用说明都基本没啥问题。但是现在更建议大家使用wgdi进行比较基因组学中相关分析，教程见如何用WG...
-
ggtree学习 第一章2：树文件的操作原文链接： 2 Manipulating Tree with Data[https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter2.html...
-
两个物种及多个物种共线性分析——TBtools———— 奋斗没有终点，任何时候都是起点（来源于网络） 物种间共线性文件，只需要用TBtools就可以完美解决 1.下载好物种的基因组文件与gff注释文件 打开One Ste...
-
-
实用！便携且高效 去除 基因组序列和注释 碎片写在前面 目前，有大量物种的基因组序列和注释信息公布。几乎所有科研人员都可以下载并使用这些数据，分析和验证自己的科研假设。常常，我们会遇到一些小问题，比如基因组序列文件中包含...
-
序列比对软件 MUMmer 高级使用（二）
快速上手的话见上一篇，这篇详细介绍一下 MUMmer 4 软件下 nucmer 程序的详细参数。 序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.jian...
-
可视化基因组结构重排的工具~plotsr论文 https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/b...
-
Syri：基于组装基因组的变异检测1.安装Syri GitHub页面：https://github.com/schneebergerlab/syri[https://github.com/schneeberg...
-
SyRI：从全基因组组装中找到基因组重排和局部序列差异基因组差异从单核苷酸差异到复杂的结构变异。当前的方法通常能准确地注释从SNP到大插入缺失的序列差异，但无法揭示结构重排的全部复杂性，包括倒置，易位和重复，其中位置，方向或拷贝...
-
SyRI：一款从组装的基因组中检测结构变异的实用软件简介 SyRI，全称Synteny and Rearrangement Identifier，是一个使用 whole-genome assemblies（WGA）预测基因组之...
