发简信
IP属地：西藏
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DoubletFinder 去除双细胞
1. 参考资料 https://mp.weixin.qq.com/s/ybr1rK5CcC-BfDKUYxKcNw https://www.ji...
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10X单细胞转录组下游流程-1-整合多个cellranger结果1. 写在前面 因为后续的课题以及下一次的JC都准备做单细胞的，所以开始学习单细胞转录组的下游分析。 又因为7月在珠海跑过一次基于Seurat ...
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单细胞数据挖掘3-clustering1. 写在前面 参考教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. Normalization, ...
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技能树直播课程学习-WGCNA-2-网络构建和模块检测1. 挑选软阈值 软阈值的要求：无尺度拓扑网络系数 R^2 高于 0.85，或者或平均连接度降到 100 以下 如果没有合适的阈值，可以使用 R...
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too-many-cells 学习笔记1. TooManyCells 简介 TooManyCells 是由宾夕法尼亚大学的 Gregory W. Schwartz 等人开发的一种聚类...
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一篇PNAS Fig.1的复现文章链接：https://www.pnas.org/content/115/8/E1839.long GSE编号：GSE102339 特别提示：...
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技能树直播课程学习-WGCNA-1-数据清洗1. 层次聚类 在读入表达矩阵，进行基础的筛选，并使用 goodSamplesGenes() 确保没有太多的缺失值后，我们对样本进行聚类，以剔除...
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10X单细胞转录组下游流程-3-亚群注释1. 读取数据 2. 按时间点分组画图 可以看到每个群中基本都有四个时间点的细胞 3. 标识感兴趣的基因 4. 亚群注释 5. 不同时间点分开画图
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Motif 分析
1. Homer 1.1. homer的安装和配置 按照这个链接里的教程进行。 1.2. install mm10 1.3. find moti...