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    基因家族分析

    1 介绍 · 基因家族(Gene family),是来源于同一个祖先,由一个基因通过基因复制或者加 倍而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因,它...

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    基因组重测序SNP_calling

    1 介绍 基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。 基于全基因组重测序技术,人们期...

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    ComplexHeatmap绘制复杂热图

    pheatmap交互 最近ComplexHeatmap更新可以将pheatmap对象进行参数转换。新增的ComplexHeatmap::phea...

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    R语言circos绘制

    介绍 circos可以作为数据展示的一种手段,主要用于基因组数据的可视化,比如甲基化,组蛋白修饰,snp,indel,sv,以及常见的基因表达水...

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    一致性聚类ConsensusClusterPlus

    介绍 一致性聚类是一种为确定数据集中可能的聚类的数量和成员提供定量证据的方法,例如作为微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用,在...

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    R语言机器学习-caret

    介绍 caret包(Classification and Regression Training)是一系列函数的集合,它试图对创建预测模型的过程...

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    glmnet

    Glmnet主要用于拟合广义线性模型。筛选可以使loss达到最小的正则化参数lambda。该算法非常快,并且可以使用稀疏矩阵作为输入。主要有线性...

  • 使用WGCNA进行meta-analysis

    鉴于大量的转录组数据,可能出现的一个问题是“如果A组和B组都进行了转录组研究并报告了一些结果,这些结果的相容性如何?”目前基于转录组或芯片数据进...

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    WGCNA

    1 介绍 针对基因大量样本量表达数据的分析方法(RNA-seq 、微阵列),建议样本数量大于15,可以挖掘具有相似表达模式的模块并计算与形状的...

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