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  • snakemake 转录组上游pipeline

    trim-galore + hisat2 + featureCounts

    0.5 914 1 3
  • DEseq2-差异分析

    数据读入 使用airway中的数据，SummarizedExperiment格式。 如果没有SummarizedExperiment格式也可以使...

    1.3 6116 4 6 1
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    一致性聚类ConsensusClusterPlus

    介绍 一致性聚类是一种为确定数据集中可能的聚类的数量和成员提供定量证据的方法，例如作为微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用，在...

    2.6 38516 15 28
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    glmnet

    Glmnet主要用于拟合广义线性模型。筛选可以使loss达到最小的正则化参数lambda。该算法非常快，并且可以使用稀疏矩阵作为输入。主要有线性...

    1.0 26608 2 26
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    R语言学习笔记_05

    回归分析 从许多方面来看，回归分析都是统计学的核心。通常指用一个或者多个预测变量（自变量或解释变量）来预测响应变量（因变量，校标变量或结果变量）...

    0.1 791 1 2
  • methylKit甲基化分析

    引言 methylKit是一个R软件包，用于分析和注释通过高通量亚硫酸氢盐测序获得的DNA甲基化信息。该软件包旨在处理RRBS及其变体的测序数据...

    1.1 12113 2 16
  • GRanges

    IRanges用于解决序列在基因组上的位置问题，GRanges在IRanges的基础上增加了染色体和DNA链的信息。在GRanges内部可以使用...

    1.1 7198 1 13
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    基因家族分析

    1 介绍 · 基因家族（Gene family），是来源于同一个祖先，由一个基因通过基因复制或者加 倍而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因，它...

    4.3 43037 9 78
  • 时间序列分析Mfuzz

    介绍 Mfuzz采用了一种新的聚类算法fuzzy c-means algorithm的软聚类算法，相比K-means等hard clusteri...

    0.1 3167 2 3
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