请问呢下minimap2要运行多久,结果文件多大啊,太慢了
De novo组装#04 | 基因组去冗余(purge_dups)写在前面 冗余序列的产生和多种因素有关,如 CLR 的测序错误,基因组自身的杂合性和重复序列的影响等等,purge_dups软件能根据read深度分析组装中haplotigs...
请问呢下minimap2要运行多久,结果文件多大啊,太慢了
De novo组装#04 | 基因组去冗余(purge_dups)写在前面 冗余序列的产生和多种因素有关,如 CLR 的测序错误,基因组自身的杂合性和重复序列的影响等等,purge_dups软件能根据read深度分析组装中haplotigs...
据说Autohic可以自动更正和调整,但是我用了效果很差,800多M的基因组,经过他调整就只有60多M了,这肯定不行啊
【基因组组装】HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错?1.常用HiC挂载软件 ALLHiC张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组,肯定是首选。对于简单基因组,我跑了下,结果不佳。提了issue,张老师...
请问下onehic.py 纠错,-p输入选项有两个model文件啊,chr_model.pth和error_model.pth这个,到底要用哪一个呢?还是两个都用,我用的是这两个文件所在的目录,报错,应该是这两个文件吧?谢谢大佬回复。
autohic使用
老板写的不错,很详细,我要用二代reads和pacbio revio HIFI reads来polish,请问配置文件该怎么修改啊?就是第四种polish吧,大佬?谢谢!
De novo组装#05 | 基因组纠错polish(racon+pilon, nextpolish)写在前面 在进行染色体挂载之前一般对得到的 "primary assembly"(主要组装/初始组装结果)进行进一步的优化,以减少错误,提高基因组的质量和准确性。然后再将这些...
请问下得到全长转录本后,怎么得到consensus sequences?谢谢大佬
全长转录组 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全长转录组分析流程 -- 数据质控和预处理ONT全长转录组测序是指基于牛津纳米孔公司(Oxford Nanopore Technologies,ONT)三代测序平台进行的全长转录组测序。利用三代测序平台长度长 (lo...
您好,我nanopore测的全长转录本,无参考基因组,pychopper得到全长数据,我后续该怎么得到consensus sequences?谢谢!
全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) (2)-- pigeon通过isoseq collapse和pigeon,我们最终能得到带有基因注释的表达矩阵,后续基因的差异分析,差异基因的KEGG注释等都和二代RNA-seq类似了。 Isose...
请问你输入reads呢?
线粒体组装软件(1)Mitofinder软件介绍 听名字就可以猜出来Mitofinder是一个专门用于组装线粒体基因组的软件,该软件运行于liunx平台,不仅可以用于组装线粒体的基因组还可以用于注释线粒体基因组,不...
请问下运行快吗?200G二代数据,20线程大概多久可以运行完成啊?
基因组组装—SOAPdenovo2的使用一、简介 SOAPdenovo2是用于short-read组装的软件,能够组装出类似人类基因组大小的de novo草图。SOAPdenovo主要用于大型植物和动物基因组的组装...
请问下conda安装的,没有mitfi这个文件,是怎么回事啊?然后tRNA注释就运行不了,然后报错就停止运行了?麻烦大佬看到回复下,谢谢!
线粒体基因组的组装和注释(MitoFinder )之前有过用二代测序的数据组装植物叶绿体基因组昆虫线粒体的经历,用的是单位的超算(Linux系统)。 这里的二代测序数据是全基因组的浅层测序数据,因为叶绿体和线粒体是多拷贝的,...
大佬这好详细,谢谢了
De novo组装#07 | 染色体挂载 (allhic,3d-dna)写在前面 初始组装经过基因组纠错(polish)以及去冗余(purge)之后,就可以将其挂载到染色体上,使其由contig/scaffold级别的基因组提升到chromoso...
@清暮微凉 请问你这个问题解决了吗?我也是一样的问题啊,谢谢!
线粒体基因组的组装和注释(MitoFinder )之前有过用二代测序的数据组装植物叶绿体基因组昆虫线粒体的经历,用的是单位的超算(Linux系统)。 这里的二代测序数据是全基因组的浅层测序数据,因为叶绿体和线粒体是多拷贝的,...
请问下我conda安装的,进入环境 mitofinder --help都是正常的,在运行的时候提示没有安装mitofinder, 奇怪了,请问该怎么处理,谢谢!
线粒体基因组的组装和注释(MitoFinder )之前有过用二代测序的数据组装植物叶绿体基因组昆虫线粒体的经历,用的是单位的超算(Linux系统)。 这里的二代测序数据是全基因组的浅层测序数据,因为叶绿体和线粒体是多拷贝的,...
@张振zz 用了很多二代数据,得到2个contigs,这怎么变成一个呢?老师
叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并1 叶绿体的组装 1.1 GetOrganelle的安装 此处默认Anaconda已经安装,那么使用下面的命令即可安装GetOrganelle: 1.2 GetOrganel...
请问下我基因组5G,我用的1.4G二代双端数据来组装的叶绿体,结果得到3个contigs,这怎么能连起来呢,github默认的参数,谢谢!
叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并1 叶绿体的组装 1.1 GetOrganelle的安装 此处默认Anaconda已经安装,那么使用下面的命令即可安装GetOrganelle: 1.2 GetOrganel...
请问下足够多的二代数据能组装出线粒体基因组吗?
叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并1 叶绿体的组装 1.1 GetOrganelle的安装 此处默认Anaconda已经安装,那么使用下面的命令即可安装GetOrganelle: 1.2 GetOrganel...
请问下CPU没有拉满,怎么设定拉满cpu跑啊,谢谢
verkko(一个刚更新的基因组组装软件)可以实现T2T级别的组装verkko 和hifiasm比起来,慢很多,因为它有canu部分Verkko is a hybrid genome assembly pipeline developed ...
应该是没有ONT数据时候,加这个参数
基因组组装之Verkko,实现T2T级别组装(可与hifiasm一较高下)Verkko是一个用于实现端粒到端粒(telomere to telomere, T2T)基因组组装的新工具。 Rautiainen, M., Nurk, S., Walen...
##如果为ONT或PacBio HiFi数据则不添加--no-nano,这句话是什么意思啊?又见多啦A梦了,嘿嘿
基因组组装之Verkko,实现T2T级别组装(可与hifiasm一较高下)Verkko是一个用于实现端粒到端粒(telomere to telomere, T2T)基因组组装的新工具。 Rautiainen, M., Nurk, S., Walen...