公共数据库中的SRA 单细胞转录组数据究竟包含了哪些数据？CellRanger怎样利用10x平台下机数据进行下游一系列分析？这篇文章简单记录Ce...

表达矩阵标准化是差异分析的第一步，关于为什么需要标准化及常用的标准化的方法有哪些的一篇笔记。 参考文章 为什么需要标准化？ 转录组测序采取的打断...

Monocle包构建拟时分析时，关键步骤order()完成了细胞表达基因的排序，并给出了pseudotime值及其他指标，关于这些变量的一些理解...

转录组测序数据中，经常会出现Q30或Phred值，它们究竟是什么含义？ Q30表示一个碱基的质量值，也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值...

经常在基因组或其他组学文章中见到circos图，但是并不知如何解读？以及circos图适用于哪类数据分析结果的展示？这里借助一篇推文，总结一下个...

文章基本信息 2016年发表于Development杂志，题为Circular RNAs: analysis, expression and p...

产生了各种图表，用最简单的代码组合各图为整体，并作统一修改，就是patchwork拼图包的强大之处。简单介绍patchwork包的主要功能，以备...

一旦表达矩阵经过初步的质控、过滤，即判断低丰度表达基因、矫正批次效应、过滤低质量细胞等步骤后，接下来需要对表达矩阵进行标准化及归一化操作，继而进...