概要 本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性,分两种情况:①经过数据清洗、标准化和聚类的Seurat对象导入②未...
数据可视化是将数据直观展示出来的一个必不可少的步骤。ggplot2是一个非常常见的绘图R包,在文献中,我们常常会看见用漂亮箱线图来展示原始数据的...
R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中,这样一来,对于海量的单细胞RNA-seq数据(尤其是超过250k的细胞量),即...
版本信息: Seurat v2.0不是3.0!现在Seurat更新了3.0版本,下载也是默认的3.0,这篇记录只适用于用2.0的。 梗概 将Ce...
这篇主要针对Seurat包装不上hdf5r包的bug而无法使用Read10X_h5这个函数的读者。 在使用Seurat包读取10Xgenomic...
在分析单细胞转录组测序数据前,我们需要将原始的fastq测序文件转化成我们可读的数据,最好的方法是将数据整理为基因-细胞表达矩阵,如此一来后续的...
学会用ggplot2画堆积图就等于学会画饼图,这样一石二鸟的干货,还不继续往下看吗? 堆积柱状图(或百分比堆积图)与饼图都是我们常用的直观描述数...
与上次翻车实验的不同: 过滤了更多的细胞和基因。在处理数据时,低质量的细胞一定要清除掉,告诫大家宁缺毋滥。。。否则后续分析真的是一堆的噪点。 跳...
梗概 参照官网教程:http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#getti...